Naquela Residência foi surpreendido pela rebelião e o posterior assalto ao Quartel da Montanha - foco da sublevação em Madrid - que se encontrava muito perto. Isso obrigou-o a ficar dois dias naquele lugar. A 20 de julho, por fim, conseguiu refúgio em casa da sua mãe.

Começou depois, perante a declarada perseguição religiosa, uma etapa de clandestinidade que se prolongou até o fim de 1937, quando passou a pé, através dos Pirinéus, à zona de Espanha na qual podia exercer com liberdade o seu ministério sacerdotal.