O prelado — e, em seu lugar, os seus vigários — é quem exerce a jurisdição no Opus Dei: é o Ordinário próprio da prelazia.
Desde 23 de janeiro de 2017, o prelado do Opus Dei é mons. Fernando Ocáriz.
O Vigário Auxiliar é Mons. Mariano Fazio, o Vigário Geral é Mons. Antoni Pujals e o Vigário Secretário Central é Jorge Gisbert.
A Cúria Prelatícia tem a sua sede central em: Viale Bruno Buozzi 73, 00197, Roma, Itália.
A Prelazia do Opus Dei se rege pelas normas do direito geral da Igreja, pela constituição apostólica Ut sit e pelos seus próprios Estatutos ou Código de direito particular do Opus Dei. O Código de Direito Canônico de 1983 contém as normas básicas da figura da prelazia pessoal (cânones 294-297).
Os sacerdotes que formam o presbitério da prelazia dependem plenamente do prelado, que lhes indica as respectivas tarefas pastorais, sempre desempenhadas por eles em estreita união com a pastoral diocesana. A prelazia responsabiliza-se por sustentá-los economicamente.
Os fiéis leigos dependem igualmente do prelado em tudo o que se refere à missão específica da prelazia. Estão sujeitos às autoridades civis do mesmo modo que os demais cidadãos, e às outras autoridades eclesiásticas do mesmo modo que os demais católicos leigos.
No Opus Dei, o prelado governa com a colaboração do vigário auxiliar, do vigário geral e do vigário secretário central. Também conta com a colaboração de um conselho de mulheres, a Assessoria Central, e outro de homens, o Conselho Geral. Ambos têm a sua sede em Roma.
Os membros do Conselho Geral são: Josemaría Sánchez Blanco, Marcelo Valenga, Andrew Joseph Laird, Luis Romera e Julien Nagore.
A assessoria central é formada por: Isabel Sánchez Serrano, Maria Díaz Soloaga, Nicola Waite, Fernanda Lopes, Kathryn Plazek, Inocencia Fernández, Susana Lopez e Rosário Líbano Monteiro.
Também fazem parte do pleno destes conselhos os delegados e delegadas regionais nas diversas circunscrições em que se divide geograficamente o trabalho apostólico da prelazia, que atualmente são 25.
Além dos nomes mencionados acima, o diretor espiritual (Pau Agulles) e o representante junto à Santa Sé (Paul O'Callaghan) também colaboram com os órgãos do governo central.
No governo do Opus Dei o prelado conta com a colaboração de um conselho de mulheres — a Assessoria Central —, e outro de homens — o Conselho Geral. Ambos situam-se em Roma.
Uma das características do governo da prelazia é o estilo colegial, de modo que o prelado e os seus vigários desempenham os seus cargos com a cooperação dos correspondentes conselhos, formados na sua maioria por leigos.
Os congressos gerais da prelazia celebram-se ordinariamente a cada oito anos, com a participação de membros procedentes dos diferentes países em que o Opus Dei está presente. Nesses congressos, analisa-se o trabalho apostólico da prelazia e propõem-se ao prelado as linhas para a sua futura atividade pastoral. O prelado procede no congresso à renovação dos seus conselhos.
A prelazia distribui-se por áreas ou territórios chamados regiões. À frente de cada região – cujo âmbito pode ou não coincidir com um país – , encontra-se um vigário regional, com os seus conselhos: Assessoria Regional para as mulheres e Comissão Regional para os homens.
Algumas regiões subdividem-se em delegações de âmbitos mais reduzidos. Neste caso, repete-se a mesma organização de governo: um vigário da delegação e dois conselhos. Finalmente, em nível local, existem os centros do Opus Dei, que se ocupam de organizar os meios de formação e o atendimento pastoral dos fiéis da prelazia do seu âmbito.
Os centros são de mulheres ou de homens. Em cada um há um conselho local, presidido por um leigo — a diretora ou o diretor — e com ele pelo menos outros dois fiéis da prelazia. Para o atendimento sacerdotal específico dos fiéis vinculados a cada centro, o Ordinário da prelazia designa um sacerdote do seu presbitério.
Nenhum cargo de governo, a não ser o do prelado, é vitalício.
Todos os fiéis da prelazia atendem às suas próprias necessidades pessoais e familiares por meio do seu trabalho profissional. Além de se sustentarem pessoalmente, os fiéis do Opus Dei e os cooperadores fazem face às despesas próprias das necessidades pastorais da prelazia.
Esses gastos reduzem-se, basicamente, ao sustento e formação dos sacerdotes da prelazia, às despesas vinculadas à cúria prelatícia — assim como dos governos regionais ou das delegações — e às esmolas que a prelazia concede. Como é lógico, os fiéis do Opus Dei prestam também a sua ajuda a igrejas, paróquias, etc.