Desde 23 de janeiro de 2017, o prelado do Opus Dei é mons. Fernando Ocáriz.

O Vigário Auxiliar é Mons. Mariano Fazio, o Vigário Geral é Javier del Castillo e mons. José Andrés Carvajal é o Vigário Secretário.

A Cúria Prelatícia tem a sua sede central em: Viale Bruno Buozzi 73, 00197, Roma, Itália.

A Prelazia do Opus Dei se rege pelas normas do direito geral da Igreja, pela constituição apostólica Ut sit e pelos seus próprios Estatutos ou Código de direito particular do Opus Dei. O Código de Direito Canônico de 1983 contém as normas básicas da figura da prelazia pessoal (cânones 294-297), modificadas pelo motu proprio Le Prelature personali de 4 de agosto de 2023.

Os sacerdotes que formam o presbitério da prelazia dependem plenamente do prelado, que lhes indica as respectivas tarefas pastorais, sempre desempenhadas por eles em estreita união com a pastoral diocesana. A prelazia responsabiliza-se por sustentá-los economicamente.

Os fiéis leigos dependem do prelado em tudo o que se refere à missão específica da prelazia. Estão sujeitos às autoridades civis do mesmo modo que os demais cidadãos, e às outras autoridades eclesiásticas do mesmo modo que os demais católicos leigos.

No Opus Dei, o prelado governa com a colaboração do vigário auxiliar, do vigário geral e do vigário secretário central. Também conta com a colaboração de um conselho de mulheres, a Assessoria Central, e outro de homens, o Conselho Geral. Ambos têm a sua sede em Roma.

Os membros do Conselho Geral são: Josemaría Sánchez Blanco, Marcelo Valenga, Andrew Joseph Laird, Ángel José Gómez Montoro e José Chávez Hernández.

A assessoria central é formada por: Maria Julia Prats Moreno, María Díaz Soloaga, Nicola Waite, Fernanda Zaidan Lopes, Teddy Nalubega, Kathryn Plazek, Ana Casero Palmero e Florencia Carloni.

Também fazem parte do pleno destes conselhos os delegados e delegadas regionais nas diversas circunscrições em que se divide geograficamente o trabalho apostólico da prelazia, que atualmente são 25 e abrangem 68 nações.

Além dos nomes mencionados acima, o sacerdote prefeito para a formação espiritual (Pau Agulles) e o representante junto à Santa Sé (Paul O'Callaghan) também colaboram com os órgãos do governo central.

Uma das características do governo da prelazia é o estilo colegial, de modo que o prelado e os seus vigários desempenham os seus cargos com a cooperação dos correspondentes conselhos, formados na sua maioria por leigos.

Os congressos gerais da prelazia celebram-se ordinariamente a cada oito anos, com a participação de membros procedentes dos diferentes países em que o Opus Dei está presente. Nesses congressos, analisa-se o trabalho apostólico da prelazia e propõem-se ao prelado as linhas para a sua futura atividade pastoral. O prelado procede no congresso à renovação dos seus conselhos.

A prelazia distribui-se por áreas ou territórios chamados regiões. À frente de cada região – cujo âmbito pode ou não coincidir com um país – , encontra-se um vigário regional, com os seus conselhos: Assessoria Regional para as mulheres e Comissão Regional para os homens. Algumas regiões subdividem-se em delegações de âmbitos mais reduzidos. Neste caso, repete-se a mesma organização de governo: um vigário da delegação e dois conselhos. 

Nenhum cargo do governo, exceto o de prelado, é vitalício.

Em nível local, existem os centros do Opus Dei, que organizam os meios de formação e o atendimento pastoral dos fiéis da prelazia do seu âmbito. Os centros são de mulheres ou de homens. Em cada um há um conselho local, presidido por um leigo — a diretora ou o diretor — e normalmente com outros dois fiéis da prelazia. Para o atendimento sacerdotal específico dos fiéis vinculados a cada centro, o Ordinário da prelazia designa um sacerdote do seu presbitério.

Todos os fiéis da prelazia atendem às suas próprias necessidades pessoais e familiares por meio do seu trabalho profissional. Além de sustentarem a si mesmos, e às sedes dos seus centros, os fiéis do Opus Dei e os cooperadores se encarregam das despesas das necessidades pastorais da Prelazia. Muitas vezes promovem e apoiam entidades que permitem a realização dessa atividade pastoral, como casas de formação e retiros espirituais.

As despesas próprias da prelazia se limitam basicamente ao apoio e formação dos sacerdotes da prelazia, às despesas vinculadas à cúria prelatícia em Roma - bem como aos governos ou delegações regionais - e às esmolas que a prelazia concede. Naturalmente, os fiéis do Opus Dei prestam também a sua ajuda a igrejas, paróquias, etc.