Η αρχιερατεία του Opus Dei κυβερνάται σύμφωνα με τις νομικές διατάξεις του γενικού δικαίου της Εκκλησίας, από το Αποστολικό Σύνταγμα Ut sit και από τον Νομικό Κώδικα που απευθύνεται ειδικότερα στο Opus Dei. Ο Κώδικας του κανονικού δικαίου του 1983 θέτει τις βασικές νομικές διατάξεις που εμπίπτουν οι αρχιερατείες στους κανόνες 294-297.
Ο αρχιεράτης είναι ο ηγέτης της αρχιερατείας. Αυτός και οι Βικάριοι που τον εκπροσωπούν έχουν δικαιοδοσία στο Opus Dei. Αυτή τη στιγμή αρχιεράτης είναι ο Μόνσινιορ Φερνάντο Οκάριζ, Γενικός Βικάριος είναι ο Μόνσινιορ Μαριάνο Φάτζιο και Γραμματέας Βικάριος ο Μόνσινιορ Άντονι Πουγιάλς. Η αρχιερατεία έχει τα γραφεία της στην οδό Viale Bruno Buozzi 73,00197,Roma,Italia.
Οι ιερείς της αρχιερατείας εξαρτώνται πλήρως από τον αρχιεράτη. Αυτός τους αναθέτει τις ποιμαντικές ευθύνες για την εκπλήρωση των οποίων ακολουθούν τις ποιμαντικές κατευθυντήριες γραμμές από την μητρόπολη στην οποία ζουν. Η αρχιερατεία είναι υπεύθυνη για την οικονομική στήριξη των ιερέων της. Οι απλοί πιστοί επίσης εξαρτώνται από τον αρχιεράτη σε όλα όσα αφορούν την ειδική αποστολή της αρχιερατείας. Υπάγονται στις πολιτικές αρχές όπως κάθε άλλος πολίτης, καθώς και στις άλλες εκκλησιαστικές αρχές όπως κάθε απλός Καθολικός.
Η μορφή διακυβέρνησης στην αρχιερατεία βασίζεται στη συλλογικότητα. Ο αρχιεράτης και οι Βικάριοι πάντα εκτελούν το έργο τους υποβοηθούμενοι από συμβούλους, οι οποίοι αποτελούνται κυρίως από απλούς ανθρώπους. Το Συμβούλιο των γυναικών καλείται "Κεντρικό Συμβουλευτικό Όργανο και το Συμβούλιο των ανδρών Γενικό Συμβούλιο, αμφότερα εδρεύουν στη Ρώμη.
Το Γενικό Συνέδριο της αρχιερατείας συνέρχεται συνήθως κάθε οκτώ χρόνια. Οι παρευρισκόμενοι είναι μέλη από τις χώρες στις οποίες το Opus Dei έχει παρουσία. Σε αυτά τα Συνέδρια μελετάται το έργο της αρχιερατείας και η προτεινόμενη κατεύθυνση της μέλλουσας ποιμαντικής δραστηριότητας παρουσιάζεται στον αρχιεράτη. Κατά την διάρκεια του Συνεδρίου ο αρχιεράτης διορίζει νέους συμβούλους.
Η αρχιερατεία διαιρείται σε περιοχές που καλούνται Τομείς. Κεφαλή κάθε περιοχής που μπορεί να συμπίπτει ή και να μην συμπίπτει με αυτές μιας συγκεκριμένης χώρας, είναι ένας τοπικός Βικάριος και δύο Σύμβουλοι: μια Τοπική Σύμβουλος (advisor) για τις γυναίκες και ένας Τοπικός Επίτροπος για τους άντρες. Μερικοί από τους Τομείς υποδιαιρούνται περαιτέρω σε αντιπροσωπείες. Εντός των πλαισίων της περιοχής της, η αντιπροσωπία έχει μία ανταποκρινόμενη διοικητική οργάνωση: έναν Βικάριο και δύο συμβούλους. Τέλος, σε τοπικό επίπεδο, υπάρχουν τα κέντρα του Opus Dei. Αυτά είναι αφιερωμένα στην οργάνωση των μέσων δόμησης και ποιμαντικής φροντίδας των πιστών της αρχιερατείας σε μια συγκεκριμένη περιοχή. Τα κέντρα μπορεί να είναι για άντρες ή για γυναίκες. Κάθε κέντρο διοικείται από ένα τοπικό συμβούλιο, στο οποίο προΐσταται (ηγείται) ένα απλό μέλος και συναποτελείται από τουλάχιστον δύο άλλους πιστούς της αρχιερατείας. Για την Ιερατική φροντίδα των προσκείμενων ως προς το κέντρο πιστών, ο Ordinary της αρχιερατείας διορίζει έναν ιερέα από το πρεσβυτέρειο του.
Κανένα Διοικητικό αξίωμα, εκτός από αυτό του αρχιεράτη, δεν είναι ισόβιο.
Όλοι οι πιστοί της αρχιερατείας είναι υπεύθυνοι για να καλύπτουν τις προσωπικές ανάγκες τους καθώς και αυτές των οικογενειών τους με τα μέσα της εργασίας τους. Εκτός του ότι καλύπτουν τα έξοδα διαβίωσής τους τα μέλη του Opus Dei και οι Συνεργάτες, επίσης αναλαμβάνουν την ευθύνη για τα έξοδα που προκύπτουν στο εν εξελίξει ποιμενικό έργο της αρχιερατείας. Αυτά τα έξοδα είναι ουσιαστικά όσα σχετίζονται με την υποστήριξη και τον σχηματισμό των ιερέων της αρχιερατείας και της μητρόπολης της αρχιερατείας και των κεντρικών γραφείων σε κάθε περιοχή, τομέα ή αντιπροσωπία και για τις φιλανθρωπικές αρωγές της αρχιερατείας. Προφανώς, οι πιστοί του Opus Dei επίσης συνεισφέρουν στις τοπικές Εκκλησίες, ενορίες κλπ.
Η αρχιερατεία δεν παρεμβαίνει στις πολιτικές, οικονομικές ή κοσμικές υποθέσεις που αντιμετωπίζουν οι πιστοί, μα ασχολείται αποκλειστικά με την πνευματικής φύσεως αποστολή της.
Κάθε μέλος ενεργεί με πληρέστατη προσωπική ελευθερία και υπευθυνότητα και το Opus Dei δεν μεταχειρίζεται ούτε υιοθετεί τις αποφάσεις των μελών της ως δικές της. Τα καταστατικά γράφουν ρητώς ότι σε θέματα σχετικά με επαγγελματικές κοινωνικές και πολιτικές δραστηριότητες, έκαστος των πιστών της αρχιερατείας, εντός των ορίων της Καθολικής διδαχής περί πίστεως και ηθικής, έχει την ίδια ολοκληρωτική ελευθερία όπως ο οιοσδήποτε άλλος εκ των Καθολικών πολιτών. Οι αρχές της αρχιερατείας πρέπει εξ ολοκλήρου να αποφεύγουν ακόμα και να δίδουν έστω και συμβουλή σε αυτά τα θέματα.