Seit 1982 ist das Opus Dei eine Personalprälatur – eine Rechtsform, die auf eine Anregung des Zweiten Vatikanischen Konzils zurückgeht. Als Personalprälatur erfüllt das Opus Dei spezifische pastorale Aufgaben für seine Mitglieder und im Dienst der gesamten Kirche. Seine apostolische Sendung wird vor allem von Laien getragen, in Zusammenarbeit mit den Priestern der Prälatur. Die Botschaft des Opus Dei richtet sich grundsätzlich an alle Getauften.

An der Spitze der Personalprälatur steht der Prälat. Der derzeitige Prälat, Fernando Ocáriz, übernahm diese Aufgabe 2017 als Nachfolger von Javier Echevarría. Dieser war, ebenso wie sein Vorgänger Álvaro del Portillo, zusätzlich zum Bischof geweiht worden.

Bei der Leitung stehen dem Prälaten zwei beratende Gremien zur Seite, eines für Frauen und eines für Männer. Beide bestehen mehrheitlich aus Laien. In den einzelnen Regionen, die geografisch meist mehrere Länder umfassen, wird der Prälat von einem Regionalvikar vertreten. Auch ihm stehen zwei beratende Gremien zur Seite.