1936年8月30日，西班牙当时已经分裂为两大派系，摆好阵仗准备互相厮杀。施礼华神父的性命，就像其他神父般地岌岌可危，他不断迁移躲藏的地方。民兵就在他母亲家门前，吊死了一个跟他长得很像的人，以为那个人就是他。一天，他和初期加入主业团的成员之一璜瓦加斯，还有一位两天前刚认识的年轻人，一起躲在一位朋友家中。那天下午大约两点钟，一群肆虐街坊搜索仇敌的士兵们按了门铃，那位年迈的女佣刻意大声地应门，全屋子都可听得到她的声音：
「噢！你们一定是奉命前来搜寻，主人现在不在家，你们请自便吧！」
他们三人，赶快爬上梯子，躲到阁楼里，那里的空间非常狭小，低矮的天花板，烟灰弥漫，密不通风。他们卷缩在一些老旧家俱后面。时间在死寂中彷佛停摆了，加上难忍的闷热，他们终于听见士兵们的脚步逼近了，他们仔细有条理地搜寻，最后来到了顶楼，进入三人躲藏的隔壁间。施礼华神父悄悄地告诉这两位年轻人：
「我们现在处境险恶，如果你们想要的话可以发痛悔，我为你们赦罪。」
他为他们赦了罪。璜问他：
「神父，如果他们杀了我们，我们会如何？」
「我的儿子，我们会直接上天堂。」
璜觉得这想法是如此地安慰人心，他安心地睡着了。其他两个人则听着隔壁房间一丝不苟的彻底搜查，终于，轮到他们躲藏的地方了……。
然而，这群士兵突然转下楼梯，离开了。他们这些逃亡者终于可以松口气了，不过他们仍然待在那里，直到晚上九点，等那栋公寓的花园进口关上了大门为止。他们满身大汗、几乎脱水了、浑身脏兮兮的。三人其中一位下了楼：
「可不可以请妳给我一杯水？」
女佣大吃一惊，请他进去。
「楼上还有两个人。」
「这样吗？快让他们两个马上下楼来！」
他们梳洗了一番，也换了衣服。神父笑了笑，从这小事上得到了大启示：
「直到今天，我才晓得一杯水的宝贵价值呢！」
他们欣喜地接受了这位太太的热情招待。隔一天，士兵们继续搜索整栋大楼。他们时常敲门要这要那的；每次她都吓得浑身直打哆嗦。只要她提议念玫瑰经，神父立刻接受，没有掩饰自己的身份：
「让我来带头念玫瑰经，我是神父。」
隔一天，他向屋主致谢，告诉他们他必须立刻离开这里，以免连累屋主
带来杀身之祸。再一次地，他们焦急地寻找藏身之地，所有地方都不见得比上个地方更安全。
战争爆发后，主业团为数本不多的成员被逼不得已、四散八方。父亲（在主业团内，成员惯于亲昵的称呼创办人施神父为「父亲」，相对的，施神父也亲切的称呼他们为「孩子」）从一处搬到另一处，总是身处于危险之中。怀着英勇的坚毅，他拒绝了一些安全的藏身之所，因为那些地方并不适于他司铎的身份。有时，最安全的地方是在街上，他从早走到晚，隐没在人群中。
艰难岁月，使徒工作，喜悦乐观
在这情况下，可能的话，他仍旧举行弥撒，除了他能联络上的主业团的成员外，他还为许多人提供灵修协助。借着在一些想象不到的地方，安排一连串的会面，甚至还带领了避静。不过，他也时常接获一些司铎朋友殉道的消息。
有几个月时间，他在一间精神病院找到安全的栖身之所，在院长的苏易士医生首肯下，他住在那里佯装疯子。最后，他和其他几位同伴得以进入宏都拉斯领事馆避难。那里的外交优势保证了他们一丝的安全。像这类的地方，挤满了避难者，粮食非常缺乏，气氛也低迷得让人意志消沉、精神紧绷。施礼华神父为他那些年轻的同伴们订了时间表，让他们能致力读书，也为他们讲道，甚至还谨慎地在一个小桌子内保存着耶稣圣体。他最大的喜悦就是每天能举行弥撒。同时，多亏身为工程师的伊西多禄，因他是阿根廷公民，所以能够自由自在的在各地走动，也因此负责连络那些在领事馆之外的伙伴。
这场腥风血雨到底会持续多久呢？一切的迫害什么时候才会停止呢？被困在这种惨状里，无法扩展主业团的工作，他还可以撑多久呢？他思考了许多，也询问了那些跟随他的年轻人。是的，他有必要横跨到西班牙的另一边去，在那里可以过正常的基督徒生活。尽管不能保证是否成功，但这是剩下来的唯一可行之途，就是试着偷渡庇里牛斯山取道法国。那时正值1937年九月。
横越庇里牛斯山
任何人身处他的这种情况，都不免会自问，为何有这么多的困难，阻止这明显是天主的计画？为何天主允许这些阻碍呢？可是这位年轻的司铎，打从孩童时期已经学会吞忍深切悲痛的苦涩，早已熟识十字架的奥秘。那并非是听天由命，而是深刻理解这条受苦难的道路，正因基督是在祂的十字架上得胜、并救赎了我们。他一生都坚信这点，因此他隐喻自己而写道：「当你庆祝光荣十字圣架庆节时，以你心中最诚挚的渴望，请求吾主赐给你恩宠，好能在你灵魂和感官中『高举』十字圣架。你恳求能有个新生命；让十字架能在这生命上封印，巩固你使命的真实性；让你整个的存活憩息在十字圣架上！」
然而对创办人而言，这并非是个容易的决定，因为这表示着要撇下一些他的同伴，还有他的母亲及姊弟。在兵荒马乱的马德里，实在让他饱受折磨。不过，他知道这决定来自天主意愿对未来使徒工作的急迫性，不论将会是好是坏，至少在西班牙战场的另一边，他能够继续全力以赴。
1937年10月10日，他藉由临时凑成的文件，顺利地到达巴赛隆纳，从这城市，在一些爬山高手和走私犯的领队下，把难民分队，打算暗中出发。出乎意料的他和那些同伴们得在巴赛隆纳多等待了大约一个月的时间，身上毫无分文，时常饥饿难忍，直到能组队成行。
他们在寒冷的秋末徒步横越山脉，白天躲藏着，只有在黑夜中行进。他们没有任何装备，因为几个月以来物质的匮乏，以及身处随时会被发现和射杀的危险中，导致他们体力衰竭、身心疲惫不堪，这项挑战对任何人而言，都是严苛的考验，何况那些已经饱受非人道战争摧残的人。他们经历了各式各样的逃难过程，在有的情况下，向导甚至指示他们在某个偏远的村庄等上几天，施礼华神父马上挺身而出表明他神父的身份，并在可能的状况下举行弥撒。最后一次的弥撒是在避难的洞穴中举行的，在作为祭台的一块岩石前，神父在整个弥撒中都是跪着的，因而感动了整队的人：「我从来没有参加过像今天这样的弥撒，我不知道这是情况所致，还是因为这神父是位圣人。」在场的其中一人，写下这段话。
12月2日，他们极为幸运地得以越过安道尔边界，虽然所有人都筋疲力尽，不过至少安全抵达。一场强烈的暴风雪使他们困在安道尔几天，最终，当他们继续逃难时，经过法国，在露德稍作停留，特别感谢了圣母。他们在折返西班牙昂代（Hendaye）时，施礼华神父诵念了母后万福经。