O Opus Dei ganhou muita notoriedade dentro e fora da Igreja. O Opus Dei ainda é uma organização jovem na Igreja, e, como outras novas instituições, foi mal entendido em certas ocasiões. Essas críticas referiram-se às vezes à sua fidelidade ao Papa, aos bispos ou à fé católica. Em outras ocasiões, a razão da controvérsia, real ou aparente, foi não se haver entendido corretamente alguns aspectos básicos do Opus Dei, como por exemplo: não entender que, em questões sociais, políticas, familiares, económicas e profissionais, os fiéis do Opus Dei têm a sua própria opinião e atuam com absoluta liberdade e responsabilidade pessoal; confundir o caráter íntimo ou pessoal do compromisso com Deus com um caráter secreto, que são conceitos bastante diferentes; não entender a diferença entre a condição secular ou laical dos fiéis da Prelatura, por um lado; e o estado canónico e as implicações da vida consagrada, por outro. 

Qualquer pessoa familiarizada com a história não se surpreenderia ao encontrar controvérsias em torno de uma nova instituição da Igreja. De facto, Jesus Cristo advertiu repetidas vezes os seus seguidores de que encontrariam essas incompreensões.