Antoni Pujals licenciou-se em Direito na Universidade de Barcelona. Posteriormente, mudou-se para Roma para completar estudos de Teologia.

De 1980 a 2002, trabalhou na sede central do Opus Dei, junto de Mons. Álvaro del Portillo e Mons. Javier Echevarría.

Concluiu o doutoramento em Direito Canónico na Universidade Pontifícia da Santa Cruz com um trabalho intitulado "A relação jurídica de incardinação segundo o Código de 1983".

De 2002 a 2016, foi vigário do Opus Dei na Catalunha.

Em janeiro de 2017, foi nomeado vigário secretário central por Mons. Fernando Ocáriz, Prelado do Opus Dei. Desde maio de 2019, é o vigário geral.