Como prevê o direito, ao ficar vago o ofício de prelado, o governo da prelazia passa para o vigário auxiliar que, no prazo de um mês, tem de convocar o Congresso geral eletivo, a fim de que seja designado um novo prelado antes de que decorram três meses desde que se produziu a vacância. (cf. Estatutos, 149 §§ 1-2)
Os fiéis do Opus Dei que participam do Congresso eletivo são sacerdotes e leigos com pelo menos 32 anos de idade e que estejam incorporados à prelazia há no mínimo nove anos. Foram nomeados entre os fiéis dos diversos países em que o Opus Dei desenvolve o seu trabalho pastoral (cf. Estatutos, 130 §2). Os estatutos não estabelecem um número máximo de congressistas. Nos últimos congressos, o número foi por volta de cem.
A nomeação dos membros do Congresso geral eletivo não é discricionária, mas exige o voto deliberativo do Conselho geral (isto é, só ocorre a nomeação se houver maioria de votos favoráveis). O Conselho geral toma as suas decisões depois de ter ouvido o parecer da Comissão regional (conselho que assiste ao vigário no governo da cada região ou país) e dos congressistas da respectiva circunscrição (cf. Estatutos, 130 §2).
A eleição do prelado tem de recair necessariamente num sacerdote, com pelo menos quarenta anos de idade, que seja membro do Congresso, que esteja incorporado à prelazia há pelo menos dez anos e seja sacerdote há no mínimo cinco anos (cf. Estatutos, 131, 1º).
Os estatutos da prelazia descrevem as diversas condições humanas, espirituais e jurídicas que o prelado deve possuir para garantir o bom desempenho do seu cargo: em resumo, tem de distinguir-se em virtudes como a caridade, a prudência, a vida de piedade, o amor à Igreja e ao seu Magistério, e a fidelidade ao Opus Dei; possuir uma profunda cultura, tanto nas ciências eclesiásticas como nas profanas, e ter adequados dotes de governo (cf. Estatutos, 131, 2º e 3º). São requisitos análogos aos que exige o direito canônico para os candidatos ao episcopado (cf. Código de Direito Canônico, c. 378, §1).
Para a designação do novo prelado segue-se o sistema de eleição canônica, regulamentado pelo Código de Direito Canônico vigente com caráter geral para as diferentes instituições eclesiásticas (cf. cânones 164-179; cf. também constituição apostólica Ut sit, art. IV). De acordo com esses princípios gerais do direito, os estatutos da prelazia do Opus Dei concretizam alguns aspetos específicos, entre os quais destaca, dado o caráter de estrutura jurisdicional da organização hierárquica da Igreja que a prelazia tem, o requisito de que a eleição deve ser confirmada pelo Romano Pontífice (cf. Código de Direito Canônico, 178-179; Ut sit, IV; Estatutos, 130,§ 1).
O processo eletivo inicia-se com uma reunião plenária do Conselho para as mulheres da prelazia, chamado Assessoria Central: atualmente, compõem este Conselho trinta e oito mulheres – de vinte nacionalidades diferentes –, entre as quais se incluem as delegadas das circunscrições regionais (cf. Estatutos, 146, §2). Cada uma formula livremente uma proposta com o nome, ou nomes, daqueles sacerdotes que considera mais adequados para o cargo de prelado, que são transmitidos ao Congresso geral eletivo (cf. Estatutos, 130, §3). Os membros do Congresso, tendo em conta as propostas do plenário da Assessoria Central, procedem à votação. Só podem votar os congressistas presentes; está excluído o sistema por procuração (cf. Estatutos, 130, §1).
Uma vez realizada a eleição, e aceita pelo eleito, este – por si mesmo ou através de outro –, deve solicitar a confirmação do Romano Pontífice (cf. Estatutos, 130, §4).
Desde a nomeação, é Prelado para todos os efeitos e portanto usa as insígnias próprias de quem está à frente de uma circunscrição eclesiástica, com poder episcopal.
Confirmada a eleição pelo Papa, o prelado fica nomeado e adquire a plenitude da sua potestade (cf. Estatutos 130, § 1).
Durante o tempo em que ficar vago o ofício de prelado, continuam no exercício de seus cargos aqueles que desempenhavam funções de direção, tanto de caráter geral, como no âmbito das diferentes circunscrições territoriais do Opus Dei. Depois da nomeação do novo prelado pelo Papa, podem ser renovados ou substituídos nesses cargos (cf. Estatutos, 149, §3): por tratar-se de uma estrutura jurisdicional e hierárquica, os diferentes órgãos de governo se consideram canonicamente como vicários ou cooperadores do prelado, centro e fonte da unidade da prelazia (cf. Estatutos, 125, §1).
A potestade do prelado é exercida de acordo com o direito geral da Igreja e o direito particular da prelazia: a constituição apostólica Ut sit e o Codex iuris particularis Operis Dei ou Estatutos promulgados pelo Romano Pontífice (c. 295 § 1), onde se regulamentam com precisão as diversas competências jurídicas e pastorais. Como se lê nos Estatutos, o prelado tem de ser para os fiéis do Opus Dei mestre e pai, que ame de verdade a todos no coração de Cristo, e os forme e inflame com ardente caridade, gastando sua vida com gosto por eles (cf. Estatutos, 132, § 3).
O Cânon 295 do Código de Direito Canônico e o artigo IV da constituição apostólica Ut sit indicam que o prelado rege o Opus Dei como ordinário e pastor próprio, com jurisdição para realizar a missão pastoral que a Igreja confia à prelazia.
Esta jurisdição se estende aos clérigos incardinados na prelazia e aos fiéis leigos que se dedicam às tarefas apostólicas do Opus Dei (cf. Ut Sit, III). Inclui o regime ou governo do próprio clero, e a formação e assistência espiritual e apostólica desses leigos incorporados à prelazia, com vistas a uma mais intensa dedicação ao serviço da Igreja. Os leigos, como todos os demais fiéis leigos, seus iguais, estão sob a jurisdição do bispo diocesano em tudo o que está estabelecido, com caráter geral, para os fiéis cristãos, e conservam a liberdade e independência própria de todo fiel católico no que se refere às decisões familiares, profissionais, culturais, sociais ou políticas (cf. Estatutos, 88, § 3).