Antoni Pujals estudou Direito na Universidade de Barcelona. Posteriormente, mudou-se para Roma para completar os estudos de Teologia.

De 1980 a 2002 trabalhou na sede do Opus Dei, juntamente com D. Álvaro del Portillo e D. Javier Echevarría.

Obteve o doutorado em Direito Canônico pela Pontifícia Universidade Católica da Santa Cruz, com o título "La relación jurídica de incardinación según el Código de 1983".

De 2002 a 2016 foi vigário do Opus Dei na Catalunha.

Em janeiro de 2017, foi nomeado Vigário Secretário Central por Mons. Fernando Ocáriz, Prelado do Opus Dei. É o vigário geral desde maio de 2019.