De prelaat van het Opus Dei en de prelatuur zelf zijn afhankelijk, zoals alle andere kerkelijke organisaties, van de Heilige Stoel, dat wil zeggen, van de Heilige Vader en van de instelling die hem helpt met betrekking tot bisdommen en prelaturen, namelijk de Congregatie voor de Bisschoppen.

De prelaat van het Opus Dei wordt benoemd door de Paus, conform de procedure die voorzien is in de statuten van de prelatuur. Daarin is bepaald dat de leden van de prelatuur hun visie geven over de persoon (een priester) die zij het meest geschikt achten. De Heilige Vader kan de prelaat tot het bisschopsambt roepen. Dit is weliswaar niet noodzakelijk, maar wel zeer passend bij zijn hiërarchische zending als herder. Zo is het ook gebeurd met de eerste twee prelaten, Mgr. Alvaro del Portillo en Mgr. Javier Echevarria.