Il colpo di stato, portato da un settore dei militari contro la Repubblica, provocò una rivoluzione nel territorio che rimase sotto il Governo del Fronte Popolare. Una delle caratteristiche di questa rivoluzione fu l’anticlericalismo, che si concretizzò nella distruzione di edifici e di tutto quello che aveva a che fare con il cattolicesimo, e nella persecuzione dei cattolici e dei membri del clero.
Andreu Nin, capo del partito trotskista, scrisse nell’Avanguardia, del 2 agosto 1936 che “la classe operaia ha risolto il problema della Chiesa semplicemente non lasciandone in piedi neanche una”.
Furono assassinati numerosi cattolici per il solo fatto di esserlo. Vennero assassinati anche migliaia di sacerdoti per nessun altro motivo che il loro status sacerdotale. Si calcola che a Madrid venne assassinato circa il 35% del clero.
Si lanciò la “caccia al curato” che obbligò i sacerdoti a nascondere il loro stato clericale assumendo false identità. Quelli che non furono incarcerati o assassinati tentarono di sopravvivere rifugiandosi nei più diversi nascondigli.L’8 agosto 1936, Josemarίa Escrivá dovette abbandonare la sua casa perché ormai era diventata insicura e cominciò un lungo percorso in diversi luoghi di Madrid: passò la notte dell’8 in una pensione al numero 13 di Via Menendez Pelayo; il giorno seguente fu in casa di Sainz de los Terreros in via Sagasta, dove rimase fino al 30 di agosto.
Il primo settembre fu in casa degli Herrero Fontana e il 4 settembre passò in casa di Álvaro Gonzáles al numero 15 di Via Caracas. Rimase lì la notte fra il 4 e il 5 settembre, dopo di che si trasferì al numero 39 di Calle Serrano dove si riunì con Álvaro del Portillo, anch’egli rifugiato in quel luogo. Il 2 ottobre, temendo nuovi rastrellamenti, dovette abbandonare questo rifugio in Calle Serrano e ritornò di nuovo a casa degli Herrero Fontana. Tuttavia, poiché non era un luogo sicuro, dal 3 al 6 ottobre si rifugiò nella casa di Eugenio Sellés, in Calle Maestro Chapì. Ritornò in casa degli Herrero Fontana e alla fine, il 7 ottobre, riuscì a rifugiarsi nella Clinica del Dottor Suils, in Calle Arturo Soria.
Rimase nella Clinica del Dott. Suils circa cinque mesi e mezzo, dal 7 ottobre 1936 fino al 14 marzo 1937, quando potè trasferirsi in un nuovo rifugio: il Consolato o Legazione dell’Honduras, al numero 53 del Paseo de la Castellana vicino alla Plaza del Castelar.