Le prélat de l’Opus Dei est, depuis le 23 janvier 2017, Monseigneur Fernando Ocáriz.
Le vicaire auxiliaire est Monseigneur Mariano Fazio. Le vicaire général est Antoni Pujals. Le vicaire secrétaire est Jorge Gisbert.
Le siège central de la curie prélatice se trouve Viale Bruno Buozzi, 73, 00197 à Rome en Italie.
La prélature de l’Opus Dei est régie par les normes du droit général de l’Église, par la constitution apostolique Ut sit et par ses statuts propres ou code de droit particulier de l’Opus Dei. Le code de droit canonique de 1983 contient les normes de base de la prélature personnelle (can. 294-297), modifiées par le motu proprio Le Prelature personali du 4 août 2023.
Les prêtres qui font partie du presbyterium de la prélature dépendent pleinement du prélat, qui leur affecte leurs tâches pastorales, qu’ils exercent en étroite union avec la pastorale diocésaine. La prélature a la responsabilité d’assurer leur subsistance.
Les membres laïcs dépendent du prélat pour ce qui a trait à la mission spécifique de la prélature. Ils sont soumis aux autorités civiles de la même manière que les autres citoyens, et aux autres autorités ecclésiastiques de la même façon que les autres laïcs catholiques.
Dans l'Opus Dei, le prélat gouverne avec l'aide du vicaire auxiliaire, du vicaire général et du vicaire secrétaire central. De plus, il bénéficie de la collaboration d'un conseil composé de femmes, le Conseil central, et d'un autre composé d’hommes, le Conseil général. Tous deux ont leur siège à Rome.
Les membres du Conseil général sont Josemaría Sánchez Blanco, Marcelo Valenga, Andrew Joseph Laird, Luis Romera et Julien Nagore.
Le Conseil central est composé d'Isabel Sánchez Serrano, María Díaz Soloaga, Nicola Waite, Fernanda Lopes, Kathryn Plazek, Inocencia Fernández, Susana López et Rosário Líbano Monteiro.
Les délégués et déléguées régionaux dans les diverses circonscriptions géographiques où s'organise le travail apostolique de la prélature font également partie de ces conseils. Ils sont actuellement au nombre de 25 et couvrent 68 nations.
En plus des noms mentionnés, le directeur spirituel (Pau Agulles) et le représentant auprès du Saint-Siège (Paul O'Callaghan) collaborent également avec les organismes du gouvernement central.
Le gouvernement de la prélature est collégial. Le prélat et ses vicaires exercent toujours le charges avec la coopération de l’un et l’autre conseil, en leur majorité composés de laïcs.
Les congrès généraux de la prélature ont ordinairement lieu tous les huit ans. Les participants proviennent des différents pays où l’Opus Dei est implanté. Ces congrès étudient l’activité apostolique de la prélature et proposent au prélat des lignes directrices pour sa future activité pastorale. Le prélat renouvelle ses conseils lors du congrès.
La prélature est divisée en zones ou territoires appelés régions, qui peuvent ou non coïncider avec le territoire d’un pays. Chaque région est gouvernée par un vicaire régional assisté de ses conseils : le conseil régional, pour les femmes, et la commission régionale, pour les hommes. Certaines régions sont subdivisées en délégations plus petites. Dans ce cas, l’organisation du gouvernement est la même : un vicaire de la délégation et deux conseils.
Aucune charge de gouvernement n’est à vie, sauf celle du prélat.
Au niveau local, les centre de l’Opus Dei organisent les moyens de formation et le suivi pastoral des fidèles de la prélature de leur zone. Les centres sont masculins ou féminins. Chaque centre compte un conseil local, présidé par un laïc (la directrice ou le directeur) et qui, normalement, comprend deux autres fidèles de la prélature. L’assistance sacerdotale spécifique des fidèles affectés à un centre est assurée par un prêtre du presbyterium de la prélature désigné par le vicaire régional ou, le cas échéant, par le vicaire de la délégation.
Tous les fidèles subviennent à leurs besoins personnels et familiaux par leur travail professionnel ordinaire. En plus de subvenir à leurs besoins et à ceux de leurs centres, les fidèles de l'Opus Dei et les coopérateurs prennent en charge les dépenses liées aux besoins pastoraux de la prélature. Ils promeuvent et soutiennent souvent des entités qui permettent de mener à bien cette activité pastorale, comme des centres de rencontre hébergeant des sessions de formation et des retraites spirituelles.
Les dépenses spécifiques de la prélature se réduisent fondamentalement au soutien et à la formation des prêtres de la prélature, à ce qui est nécessaire au siège de la curie prélatice à Rome et à ceux des gouvernements régionaux ou des délégations, et aux aumônes que la prélature distribue. Naturellement, les fidèles de l’Opus Dei contribuent également à soutenir des églises, des paroisses, etc.