Con el fin de encontrar la forma adecuada para que el Opus Dei pudiera organizarse dentro del Código de Derecho Canónico, Josemaría se trasladó a vivir a Roma. Además, impulsó la construcción de la sede central de la Obra, con más optimismo que seguridad económica. En 1954, falleció su hermana mayor, Carmen, lo que fue muy duro tanto para Josemaría como para el hermano más pequeño, Santiago.

Mientras tanto, la labor de la Obra comenzó en países como Francia, Inglaterra, México, Estados Unidos, Suiza, Brasil, Japón y Kenia. De 1962 a 1965, tuvo lugar el Concilio Vaticano II (una reunión de todos los obispos del mundo), que, entre varias cosas, recordó la llamada universal a la santidad; es decir, que todos están llamados al Cielo.

La Iglesia, como cualquier otra institución humana, cuenta con una serie de normas jurídicas organizadas en el Código de Derecho Canónico. Ahí, se establece su organización y jerarquía, así como los derechos y obligaciones de los fieles, los sacramentos y las sanciones en caso de que estas normas no se cumplan.

Para Josemaría, era muy importante que el Opus Dei quedara regulado dentro del código de derecho de la Iglesia. Sin embargo, había un problema: no existía un “traje jurídico” –por llamarlo así– para una organización dentro de la Iglesia donde mujeres y hombres laicos, así como sacerdotes, colaboraran de forma paralela. Siempre hay una primera vez todo.

Por ello, Josemaría vio necesario trasladarse a Roma, para poder seguir de cerca estas gestiones.

Corría el año de 1946. Ese año acababa de inaugurarse la Asamblea General de las Naciones Unidas en Londres, y en septiembre Freddie Mercury nacería en Tanzania. Mientras tanto, Josemaría viajaba a Roma para instalarse en un piso de la Piazza della Città Leonina, n. 9. Desde la ventana, se podían ver las ventanas de las habitaciones del Papa Pío XII; Josemaría pasó esa primera noche romana rezando por él.

Josemaría enfrentaba una fuerte crisis de salud: en 1944, había sido diagnosticado con diabetes, lo que suponía una dieta muy rígida y continuas inyecciones. Escribía un día: “Los médicos afirman que puedo morirme en cualquier momento... Cuando me acuesto, no sé si me levantaré. Y cuando me levanto por la mañana, no sé si llegaré al final del día” [1]. Durante los primeros años en Roma, la enfermedad se agravó: todo su cuerpo quedó llagado, se le cayeron prácticamente todos los dientes y perdió casi totalmente la vista. Después de tantos tratamientos, su piel era tan dura que era muy difícil ponerle inyecciones. Pero Josemaría reía: “Este burrito tiene la piel dura”... comentaba, o: “Las agujas de hoy día no son tan buenas como las de entonces”.

Mientras Álvaro y Josemaría se movían entre papeleos y gestiones en el Vaticano, la labor de la Obra seguía creciendo en todo el mundo. Comenzaron a haber centros del Opus Dei en Inglaterra (1940), Italia (1943), Portugal (1945), Gran Bretaña (1946) e Irlanda y Francia (1947).

A finales de 1948, se incorporaron al Opus Dei los primeros supernumerarios: Tomás Alvira, Víctor García Hoz y Mariano Navarro Rubio. Quizá en esos momentos, resonarían en sus oídos aquellas palabras que Josemaría ya decía desde 1930: “¿Te ríes porque te digo que tienes "vocación matrimonial"? —Pues la tienes: así, vocación” [2].

En 1949, el Opus Dei cruzó el charco para empezar en México y Estados Unidos. Al año siguiente, 1950, el Papa Pío XII dio la aprobación definitiva a la Obra. Si bien aún no era el traje jurídico adecuado (es decir, todavía no se contemplaban bien todas las dimensiones de la labor), esta aprobación dio mayor estabilidad jurídica al Opus Dei dentro de la Iglesia.

Josemaría tenía también otro sueño: construir la sede central del Opus Dei en Roma. Se requería una casa donde pudieran vivir las personas que le ayudarían a organizar la labor de la Obra –presente y futura–, así como otros miembros del Opus Dei de todo el mundo que pasarían temporadas en Roma para formarse cerca del fundador. En 1947, adquirieron una casa en la calle de Bruno Buozzi (a 1 kilómetro de los Jardines de Villa Borghese) por una cantidad simbólica y con la promesa de completar el pago con el costo de la hipoteca. A los tres años de haber comenzado las obras de adaptación del edificio, Josemaría resumía su situación en 1952 con estas palabras: “Estamos económicamente agotados... y hay que terminar esas casas” [3].

Mientras Josemaría y Álvaro, junto con otros fieles del Opus Dei, hacían malabares para terminar la construcción de la sede central, un joven español –Ismael Sánchez Bella– se trasladó en 1952 a Pamplona para iniciar lo que se convertiría en la Universidad de Navarra. Impulsado por Josemaría, Ismael inauguró el 17 de octubre de ese mismo año la Escuela de Derecho, con 48 alumnos y ocho profesores

La labor del Opus Dei llegó a nuevos países: Chile y Argentina (1950), Colombia y Venezuela (1951), Alemania (1952), Guatemala y Perú (1953), Ecuador (1954), Uruguay y Suiza (1956) y Brasil, Austria y Canadá (1957). En 1958, Japón y Kenia se convirtieron en los primeros países de sus respectivos continentes donde se abrieron centros de la Obra.

El 27 de abril de 1954, fiesta de la Virgen de Monserrat, Álvaro se llevó un gran susto. Mientras comían, Josemaría comenzó a pedirle la absolución (cuando un sacerdote perdona en nombre de Dios los pecados de un creyente) y después cayó al suelo, desmayado. Álvaro recuerda que: “Le di la absolución inmediatamente, e hice lo que supe: llamar al médico y meterle azúcar en la boca, forzándole con agua a que tragara, porque no reaccionaba y no se le notaba el pulso” [4]. Josemaría estuvo así durante 10 minutos, hasta que finalmente recobró el sentido. Cuando llegaron los médicos, ya se encontraba mucho mejor. A partir de ese día, el fundador quedó completamente curado de la diabetes.

El mismo año de su curación, Josemaría recibió la triste noticia de que su hermana mayor, Carmen, –que vivía en Roma, en un chalet, con Santiago– padecía de un cáncer incurable. Para los tres hermanos Escrivá, la enfermedad de Carmen fue muy dura. Además de los cuidados que recibía de ambos, Carmen también recibió el cariño de los miembros de la Obra, que la llamaban cariñosamente tía Carmen. Murió la madrugada del 20 de junio, con Josemaría rezando junto a su cama.

Para el año de 1963, labor del Opus Dei ya se encontraba presente en los 6 continentes. En 1962, el Papa Juan XXIII convocó el Concilio Vaticano II, es decir, una reunión con todos los obispos del mundo, para reflexionar sobre el presente y el futuro de la Iglesia. El concilio –que tuvo por objeto principal la relación entre la Iglesia y el mundo moderno– fue concluido por el Papa Pablo VI en 1965. Entre varias cosas, recordó la llamada universal a la santidad; es decir, que todos, todos, todos los bautizados pueden y deben aspirar a alcanzar el Cielo.

Josemaría, si bien no intervino directamente en las labores del concilio, pidió a todos los miembros de la Obra muchas oraciones por los frutos de este trabajo. En los años posteriores, comenzó a haber una fuerte confusión en la Iglesia, que le dolió mucho. Interpretaciones incorrectas de las conclusiones del Concilio Vaticano II llevaron a muchas personas a abandonar la fe, la vocación y al Papa. Por eso, en 1967 Josemaría envió una carta a a sus hijos con un tono lleno de esperanza y confianza en Dios: “Estos tiempos malos pasarán, como han pasado siempre. En la Iglesia nunca han faltado enfermos y enfermedades [...]. ¡Optimistas, alegres! ¡Dios está con nosotros! Por eso, diariamente me lleno de esperanza. La virtud de la esperanza nos hace ver la vida como es: bonita, de Dios” [5].

Al mismo tiempo, Josemaría recibió el año de 1970 pidiendo especialmente para que el Opus Dei encontrara la forma jurídica adecuada dentro del Código de Derecho Canónico.