El gobierno de la prelatura del Opus Dei corresponde al Prelado, que es nombrado por el Papa. Para poder llevar a cabo de manera eficaz su tarea pastoral, el Prelado cuenta con un vicario al frente de cada una de las circunscripciones territoriales en que se distribuye la prelatura por el mundo. 

Al vicario del Opus Dei en cada país, le ayudan en su misión dos consejos: la Comisión Regional, para los hombres; y la Asesoría Regional para las mujeres.

En Colombia el Vicario Regional es Monseñor Hernán Salcedo Plazas. Nació en Bogotá. Es ingeniero Químico de la Universidad de Antioquia y doctor en Derecho Canónico por la Universidad de Navarra en Pamplona (España). Desde el año de 1992 se desempeña como Vicario Regional del Opus Dei en Colombia. 

La sede de la Prelatura en Colombia está en la carrera 4 n: 72-30, en Bogotá.