El fundador muy pronto advirtió que la novedad del espíritu del Opus Dei implicaba la necesidad de sacerdotes provenientes de los laicos de la propia institución, que se dedicaran de modo especial a atender pastoralmente a las personas de la Obra y a sus apostolados, aunque sin excluir a ninguna otra alma (cfr. A. Vázquez de Prada, El Fundador del Opus Dei, vol. II, Rialp, Madrid 2002, p. 647).
Desde el comienzo del opus Dei, hubo sacerdotes diocesanos que se unieron a san Josemaría para vivir el espíritu que Dios le había confiado el 2 de octubre de 1928, formando una simple asociación de fieles.
El 14 febrero de 1943, mientras celebraba la Santa Misa, san Josemaría tuvo una particular luz de Dios que le presentó la solución que permitiría la ordenación presbiteral de estos fieles del Opus Dei. Se trataba de erigir, dentro del fenómeno pastoral de la Obra, un cuerpo sacerdotal proveniente de su laicado y formado según su espíritu, con una plena condición secular, para la atención pastoral de los miembros del Opus Dei y de sus apostolados.
Nacía así la Sociedad Sacerdotal de la Santa Cruz, que fue erigida por el obispo de Madrid el 8 de diciembre de 1943, después de haber recibido el la autorización de la Santa Sede el 11 de octubre del mismo año.
Entre tanto, san Josemaría tenía en su mente y en su corazón el deseo de ayudar más a sus hermanos sacerdotes diocesanos. Continuó dedicando a ellos, especialmente a partir de 1939, una gran parte de su tiempo predicando, a petición de los obispos de diversas diócesis, muchas tandas de ejercicios espirituales a clérigos de toda la península ibérica.
Consciente de las necesidades de sus hermanos sacerdotes, entre los años 1948 y 1949 san Josemaría llegó a considerar la posibilidad de dejar el Opus Dei, una vez obtenida su aprobación pontificia, y crear una asociación dirigida a los presbíteros seculares (cfr. A. Vázquez de Prada, El Fundador del Opus Dei, vol. III, Rialp, Madrid 2003, pp. 171-176).
En abril de 1950, el Señor hizo ver al fundador que era posible incluir a los sacerdotes diocesanos en la Sociedad que estaba en proceso de aprobación pontificia. Así lo solicitó a la Santa Sede, que aprobó, el 16 de junio de ese año, que pudieran formar parte de la Sociedad Sacerdotal de la Santa Cruz también los sacerdotes diocesanos.
El 28 de noviembre de 1982, cuando san Juan Pablo II erigió el Opus Dei en Prelatura personal de ámbito internacional, se llegó a la solución jurídica definitiva, reflejando genuinamente el carácter secular de la Obra y su constitución orgánica, compuesta por sacerdotes y laicos, hombres y mujeres de las más variadas profesiones y procedencias sociales.
En la misma constitución apostólica, el Papa erigía la Sociedad Sacerdotal de la Santa Cruz como asociación de clérigos intrínsecamente unida a la Prelatura.
En los Estatutos, la Sociedad Sacerdotal de la Santa Cruz se configura como una asociación de clérigos, de la que forman parte los sacerdotes que integran el presbiterio de la Prelatura (fieles del Opus Dei que han recibido la ordenación sacerdotal) y a la que pueden asociarse sacerdotes incardinados en las diversas diócesis que quieran buscar la santidad en el ejercicio de su ministerio sacerdotal según el espíritu del Opus Dei.