Прелат Opus Dei и вся прелатура подчиняется, как и все иерархические церковные образования, Св. Престолу, а именно римскому понтифику и органу, который помогает ему в вопросах, касающихся епархий и прелатур, т.е. Конгрегации по делам епископов.

Прелат Opus Dei назначается Папой в соответствии с порядком, предусмотренным уставом прелатуры, который предполагает участие верных последней, указывающих наиболее подходящую кандидатуру из числа священников.

Римский понтифик может затем предложить прелату принять епископское рукоположение, которое, не будучи обязательным, все же наиболее соответствует его иерархической миссии пастыря. Так было в случае двух первых прелатов – монс. Альваро дель Портильо и монс. Хавьера Эчеваррии.