Nasceu em São Tiago d’Antas, Famalicão. Terceiro de sete, era irmão do padre Guilherme Malvar Fonseca (Diocese de Braga) e do padre Manuel Malvar S.J.. Pediu a admissão ao Opus Dei com 21 anos. Um ano depois viajou para o Brasil, sendo um dos primeiros membros que iniciaram a presença do Opus Dei nesse país.

Licenciado em medicina, foi psiquiatra forense, médico gastroenterologista e professor de medicina. Aos 38 anos foi ordenado sacerdote. Exerceu o seu ministério no Brasil até 1998, quando regressou a Portugal, dedicando-se à pregação, celebração de sacramentos, orientação de retiros e acompanhamento espiritual no âmbito da ação pastoral da Prelazia.

Fruto da sua pregação, publicou vários breves livros que espelham a sua profunda experiência da vida de oração, entre eles: "À Brisa da Tarde", "Religião: Ópio do Povo?”, "Coisas Pequenas", "Conhecer-se", "Sorriso de Deus", "O Senhor do Tempo", "Eu Rezei por Ti". 

Apesar da fragilidade de saúde dos últimos anos da sua vida, era um pregador apaixonado e vibrante. A sua presença era sempre serena, suave e bem-humorada. Foi um grande amante do esporte, que praticou até ao fim da sua vida.

Para rezar um responsório pela sua alma, veja a oração neste link.