Antoni Pujals estudou Direito na Universidade de Barcelona. Posteriormente, mudou-se para Roma para completar os estudos de Teologia.

De 1980 a 2002 trabalhou na sede do Opus Dei, juntamente com D. Álvaro del Portillo e D. Javier Echevarría.

Obteve o doutorado em Direito Canônico pela Pontifícia Universidade Católica da Santa Cruz, com o título "La relación jurídica de incardinación según el Código de 1983".

De 2002 a 2016 foi vigário do Opus Dei na Catalunha.

Em janeiro de 2017, foi nomeado Vigário Secretário Central por Mons. Fernando Ocáriz, Prelado do Opus Dei. Foi vigário geral de maio de 2019 a abril de 2025.