Antes de começar a Missa de exéquias por João Paulo II na Praça de São Pedro, assistida por cerca de 300.000 pessoas dentre as quais mais de 200 chefes de Estado e de governo, os restos mortais do Papa defunto foram colocados em um caixão de cipreste, que foi selado na presença de diversas testemunhas.

Assistiram ao rito, entre outros, os cardeais Eduardo Martínez Somalo, camerlengo da Santa Igreja Romana; Angelo Sodano, anterior Secretário de Estado; Joseph Ratzinger, decano do Colégio Cardinalício; Camilo Ruini, Vigário para a diocese de Roma; Francesco Marchisano, arcipreste da Basílica Vaticana, e os arcebispos Stanislaw Dziwisz, secretário pessoal do Santo Padre, e James Harvey, prefeito da Casa Pontifícia.

O cardeal camerlengo deu início ao rito de fechamento do caixão. O arcebispo Piero Marini, mestre das Celebrações Litúrgicas Pontifícias, leu em seguida o Rogito, um resumo da vida do Papa, de que os presentes assinaram diversas cópias. Depois cantou-se uma antífona e um salmo, aos quais se seguiu uma oração silenciosa. O mestre de Cerimônias Litúrgicas e o secretário de João Paulo II puseram um véu de seda branca sobre o rosto do pontífice falecido e o cardeal camerlengo aspergiu água benta sobre os restos mortais do Papa. O arcebispo Marini introduziu então no ataúde uma bolsa com algumas medalhas cunhadas durante o pontificado e um tubo de chumbo que contém o original do Rogito.

Rezou-se o Salmo 41 enquanto o caixão era fechado.

O caixão de João Paulo II foi levado em procissão à Praça de São Pedro e colocado sobre um tapete no solo em frente ao altar maior, com um Evangelho aberto sobre ele. Faziam parte da procissão os membros do Colégio Cardinalício e os patriarcas das Igrejas Orientais, todos vestidos de vermelho. Presidiu a Missa o cardeal Joseph Ratzinger e a concelebraram 164 cardeais.

Milhões de pessoas que chegaram a Roma para assistir ao funeral de João Paulo II, mas que não puderam entrar na Praça de São Pedro, viram a cerimônia graças a 27 telões distribuídos por toda a cidade, incluídos os dois estádios de futebol da capital, a Universidade de Tor Vergata, o Circo Máximo, as Basílicas de São João de Latrão, Santa Maria Maior e São Paulo Extramuros, Piazza del Popolo, Piazza Risorgimento, o Coliseu e a Via della Conciliazione, a grande avenida que desemboca na Praça de São Pedro.

Em vários momentos da Missa, muitas pessoas pediam aos gritos que João Paulo II fosse proclamado santo. A petição, acompanhada por intermináveis aplausos, começou a escutar-se quando o cardeal Ratzinger terminou a homilia. Além disso, havia faixas em italiano em que estava escrito “Santo subito” (Santo já) e “Giovani Paulo II il Grande” (João Paulo II o Grande).

Depois da oração que se segue à comunhão, o cardeal Ratzinger procedeu ao rito das recomendações finais e despedida, ao lado do caixão de João Paulo II. O cardeal Ruini aproximou-se então do ataúde, os cantores entoaram a Ladainha dos Santos e o cardeal vigário concluiu a súplica da Igreja de Roma com uma oração.

Em seguida, foram ao ataúde os patriarcas e arcebispos maiores e metropolitanos das Igrejas metropolitanas sui iuris católicas orientais, e, em frente ao altar, rezaram a súplica das Igrejas Orientais do Ofício de Defuntos da liturgia bizantina. Todos os presentes rezaram em silêncio e posteriormente o cardeal Ratzinger aspergiu água benta sobre o ataúde enquanto o coro cantava um responso.

No momento do translado do caixão à Basílica Vaticana, os fiéis cantaram o Magnificat. As pessoas que haviam presenciado antes do funeral a deposição do corpo do defunto pontífice no caixão, acompanharam-no até as grutas vaticanas através da porta chamada de Santa Marta. O camerlengo, cardeal Eduardo Martínez Somalo, presidiu o rito da sepultura.

O caixão de cipreste com os restos mortais de João Paulo II foi atado com laços vermelhos, sobre os quais se imprimiram os selos da Câmara Apostólica, da Prefeitura da Casa Pontifícia, do Escritório para as Celebrações Litúrgicas do Sumo Pontífice e do Capítulo Vaticano. O caixão de cipreste foi introduzido em outro de zinco, que foi soldado e fechado, e sobre ele se imprimiram os selos mencionados. Na tampa figuravam a cruz e o escudo do defunto pontífice.

O notário do Capítulo da Basílica Vaticana redatou a ata da sepultura e a leu diante dos presentes.

Participaram da Missa de exéquias pelo Santo Padre monarcas reinantes de 10 países, 57 chefes de Estado, 3 príncipes herdeiros, 17 chefes de governo, os chefes de 3 organizações internacionais e representantes de outras 10, 3 esposas de chefes de Estado, 8 vice-presidentes de Estado, 6 vice-primeiros ministros, 4 presidentes de parlamento, 12 ministros de Exterior, 13 ministros e embaixadores de 24 países.

Das delegações religiosas faziam parte 140 pessoas, entre elas representantes das Igrejas Ortodoxas, das Igrejas Orientais Ortodoxas, das Igrejas e comunhões eclesiais do Ocidente, organizações cristãs internacionais, a Associação Nacional de Evangélicos, representantes do Judaísmo, do Islã e delegações das religiões não cristãs.