Tiene como finalidad la promoción de estudios históricos sobre san Josemaría Escrivá de Balaguer y sobre el Opus Dei, así como la elaboración de publicaciones científicas (de carácter teológico, canónico, pedagógico, etc.) sobre aspectos relacionados con el espíritu, las enseñanzas y los apostolados promovidos por san Josemaría. En el marco de esta finalidad general, el Instituto se hace cargo de la publicación de la edición de la Opera omnia de san Josemaría.

El Instituto se propone también promover, patrocinar y organizar reuniones científicas, seminarios o jornadas de estudio sobre los temas inherentes a sus fines institucionales.

Para facilitar la realización de trabajos científicos, el Instituto mantiene un fondo bibliográfico exhaustivo, integrado por las obras publicadas de san Josemaría Escrivá de Balaguer y por trabajos de carácter científico sobre su persona y sobre el Opus Dei, en la biblioteca de la Universidad de Navarra (Pamplona, España) y en la de la Pontificia Università della Santa Croce (Roma).

Puede, además, proporcionar una amplia información bibliográfica sobre san Josemaría y el Opus Dei a los estudiosos que lo deseen y orientar a los investigadores de estas materias.

El ISJE tiene su sede en Roma, en el edificio de la biblioteca de la Pontificia Università della Santa Croce (Via dei Farnesi 83). Cuenta con la colaboración del Centro de Documentación y Estudios Josemaría Escrivá de Balaguer (CEDEJ), sección del ISJE en la Universidad de Navarra.