Antoni Pujals a suivi ses études de droit à l’Université de Barcelone. Il s’est ensuite installé à Rome pour compléter ses études en théologie.

De 1980 à 2002, il a travaillé au siège central de l’Opus Dei, aux côtés de Mgr. Álvaro del Portillo et Mgr Javier Echevarría.

Il a obtenu un doctorat en droit canon à l’Université Pontificale de la Sainte Croix avec un travail intitulé « La relation juridique de l’incardination selon le Code de 1983 ».

De 2002 à 2016, il a été vicaire de l’Opus Dei en Catalogne.

En janvier 2017, il a été nommé vicaire secrétaire central par Mgr. Fernando Ocáriz, prélat de l’Opus Dei. De mai 2019 jusqu'en avril 2025, il a été le Vicaire général.