La Prélature de l’Opus Dei est gouvernée par un Prélat, en accord avec le droit canonique et les statuts propres de l'Opus Dei. Elle a son siège à Rome.
C'est le prélat — et en son nom, ses vicaires — qui exerce la juridiction dans l'Opus Dei : il est l'ordinaire propre de la prélature.
Le prélat de l'Opus Dei est Mgr Fernando Ocáriz depuis le 23 janvier 2017. Mariano Fazio en est le vicaire auxiliaire, Antoni Pujals le vicaire général et l'abbé Jorge Gisbert le vicaire secrétaire central.
La curie prélatice a son siège au 73, viale Bruno Buozzi, 00197 Rome (Italie)
La prélature de l'Opus Dei est régie par les normes du droit général de l’Église, par la constitution apostolique Ut sit et par ses statuts propres, ou Code de droit particulier de l'Opus Dei. Le Code de droit canonique de 1983 décrit les normes fondamentales de la figure de la prélature personnelle (canons 294-297).
Les prêtres qui constituent le presbyterium de la prélature dépendent pleinement du prélat, qui fixe leurs tâches pastorales, accomplies en étroite collaboration avec la pastorale diocésaine. La prélature les prend en charge sur le plan financier.
Les fidèles laïcs dépendent également du prélat pour tout ce qui se rapporte à la mission spécifique de la prélature. Ils sont soumis aux autorités civiles de la même manière que les autres citoyens, et aux autres autorités ecclésiastiques, de la même manière que les autres laïcs catholiques.
Dans le gouvernement de l’Opus Dei, le prélat est assisté par un conseil de femmes, le Conseil Central, et par un autre composé d’hommes, le Conseil Général. Tous deux ont leur siège à Rome.
Le gouvernement de la prélature est collégial : le prélat et ses vicaires exercent toujours leur charge avec la collaboration des conseils correspondants, formés en grande majorité par des laïcs.
Les congrès généraux de la prélature ont lieu tous les huit ans, avec la participation de membres provenant de différents pays où l'Opus Dei est présent. Lors de ces congrès, on examine le travail apostolique de la prélature et l’on propose au prélat des objectifs pour l'activité pastorale à venir. Au cours du congrès, le prélat procède au renouvellement des membres de ses conseils.
La prélature est divisée en zones ou territoires, appelées régions. À la tête de chaque région, dont l'étendue peut ou non coïncider avec un pays, se trouve un vicaire régional, assisté de ses conseils : le Conseil régional, pour les femmes, et la Commission régionale, pour les hommes.
Certaines régions sont divisées en délégations, d'une étendue plus restreinte. Dans ce cas, la même organisation se retrouve dans le gouvernement : un vicaire de la délégation et deux conseils. Enfin, au niveau local, se trouvent les centres de l'Opus Dei, qui s'occupent d'organiser les moyens de formation et l'assistance pastorale des fidèles de la prélature dans leur domaine.
Il existe des centres pour les femmes et des centres pour les hommes. Chacun d'entre eux comprend un conseil local, présidé par un laïc, le directeur ou la directrice, assisté d'au moins deux autres fidèles de la prélature. Pour l'assistance sacerdotale spécifique des fidèles attachés à chaque centre, l'ordinaire de la prélature nomme un prêtre de son presbyterium.
Aucune charge de gouvernement n'est exercée à vie, à l'exception de celle de prélat.
Tous les fidèles de la prélature doivent subvenir à leurs propres besoins personnels et familiaux au moyen de leur travail professionnel ordinaire. En plus de faire face à leurs besoins personnels, les fidèles de l'Opus Dei et les coopérateurs prennent en charge les dépenses propres aux besoins pastoraux de la prélature.
Ces dépenses concernent, essentiellement, la subsistance et la formation des prêtres de la prélature, les frais liés à la curie prélatice et aux gouvernements régionaux ou aux délégations, les aumônes et les aides financières que la prélature accorde.
Bien entendu, les fidèles de l’Opus Dei aident aussi des églises, leurs paroisses, etc…