Los fieles del Opus Dei, precisamente en cuanto tales, son y se sienten miembros vivos de la Iglesia universal y de sus diócesis respectivas, en cuya vida participan como los demás fieles: hay que tener en cuenta, además, que esta prelatura, a diferencia de lo que podría suceder en otras, no contempla algunos aspectos de la pastoral ordinaria (bautismos, confirmaciones, matrimonios, funerales, etc.), y en cambio dedica especial atención a la formación de sus fieles y de quienes se acercan a sus apostolados (encuentros y retiros espirituales, estudio de las ciencias sagradas, dirección espiritual personal, etc.)
La legítima autonomía del Opus Dei para llevar a cabo su misión eclesial, como por lo demás la autonomía que en diversos grados es propia de todo fiel y de cualquier realidad eclesial, es siempre autonomía en la comunión con la Iglesia universal y el Romano Pontífice, y con las Iglesias particulares y los Obispos diocesanos. En este sentido, el Opus Dei, en su actual configuración como prelatura, goza de la autonomía propia de los entes de la constitución jerárquica de la Iglesia (cuya cabeza es un sujeto con potestad episcopal), que es distinta de la autonomía propia de los entes de estructura asociativa.