El prelado del Opus Dei es, desde el 23 de enero de 2017, monseñor Fernando Ocáriz.
El vicario auxiliar es monseñor Mariano Fazio, el vicario general es Antoni Pujals y el vicario secretario es Jorge Gisbert.
La curia prelaticia tiene su sede central en Viale Bruno Buozzi 73, 00197, Roma, Italia.
La Prelatura del Opus Dei se rige por las normas del derecho general de la Iglesia, por la constitución apostólica Ut sit y por sus propios Estatutos o Código de derecho particular del Opus Dei. El Código de Derecho Canónico de 1983 contiene las normas básicas de la figura de la prelatura personal (cann. 294-297), modificadas con el motu proprio Le Prelature personali del 4 de agosto de 2023.
Los sacerdotes que forman el presbiterio de la prelatura dependen plenamente del prelado, quien les señala sus cometidos pastorales, que desempeñan en estrecha unión con la pastoral diocesana. La prelatura se responsabiliza de su sostenimiento económico.
Los miembros laicos dependen del prelado en lo que se refiere a la misión específica de la prelatura. Están sujetos a las autoridades civiles del mismo modo que los demás ciudadanos, y a las otras autoridades eclesiásticas de la misma forma que los demás católicos seglares.
En el Opus Dei, el Prelado, gobierna con la ayuda del vicario auxiliar, el vicario general y el vicario secretario central. Además, cuenta con la colaboración de un consejo de mujeres, la Asesoría central, y otro de hombres, el Consejo general. Ambos tienen su sede en Roma.
Los miembros del Consejo general son Josemaría Sánchez Blanco, Marcelo Valenga, Andrew Joseph Laird, Luis Romera y Julien Nagore.
La Asesoría central la componen Isabel Sánchez Serrano, María Díaz Soloaga, Nicola Waite, Fernanda Lopes, Kathryn Plazek, Inocencia Fernández, Susana López y Rosário Líbano Monteiro.
También forman parte del pleno de estos consejos los delegados y las delegadas regionales en las diversas circunscripciones en que se divide geográficamente el trabajo apostólico de la prelatura, que actualmente son 25 y abarcan 68 naciones.
Además de los nombres mencionados, también colaboran con los organismos del gobierno central el Sacerdote Prefecto de Asuntos Espirituales (Pau Agulles) y el representante ante la Santa Sede (Paul O'Callaghan).
El gobierno de la prelatura es colegial: el prelado y sus vicarios desempeñan siempre sus cargos con la cooperación de los correspondientes consejos, formados en su mayoría por laicos.
Los congresos generales de la prelatura se celebran ordinariamente cada ocho años, con participación de miembros procedentes de los distintos países donde está presente el Opus Dei. En esos congresos se estudia la labor apostólica de la prelatura y se proponen al prelado las líneas para su futura actividad pastoral. El prelado procede en el congreso a la renovación de sus consejos.
La prelatura se distribuye en áreas o territorios llamados regiones. Al frente de cada región —cuyo ámbito puede o no coincidir con un país— hay un vicario regional, con sus consejos: Asesoría regional para las mujeres y Comisión regional para los hombres. Algunas regiones se subdividen en delegaciones de ámbitos más reducidos. En este caso, se repite la misma organización del gobierno: un vicario de la delegación y dos consejos.
Ningún cargo de gobierno, salvo el del prelado, es vitalicio.
A nivel local existen los centros del Opus Dei, que organizan los medios de formación y la atención pastoral de los fieles de la prelatura de su ámbito. Los centros son de mujeres o de hombres. En cada uno hay un consejo local, presidido por un laico —la directora o el director— y normalmente con otros dos fieles de la prelatura. Para la específica atención sacerdotal de los fieles adscritos a cada centro, el vicario regional o de la delegación designa un sacerdote del presbiterio de la prelatura.
Todos los fieles atienden sus propias necesidades personales y familiares por medio de su trabajo profesional ordinario. Además de sostenerse personalmente, y sostener las sedes de sus centros, los fieles del Opus Dei y los cooperadores se hacen cargo de los gastos propios de las necesidades pastorales de la prelatura. Con frecuencia impulsan y sostienen entidades que permitan realizar esta actividad pastoral, como por ejemplo casas para convivencias de formación y retiros espirituales.
Los gastos propios de la prelatura se reducen, básicamente, a los de sostenimiento y formación de los sacerdotes de la prelatura, a los vinculados a la sede de la curia prelaticia en Roma —así como de los gobiernos regionales o las delegaciones— y a las limosnas que la prelatura concede. Como es lógico, los fieles del Opus Dei ayudan también a iglesias, parroquias, etc.