Conforme a las orientaciones dadas por la Santa Sede el Prelado del Opus Dei estableció para toda la Prelatura unas Directrices para la protección de menores y otras personas vulnerables. En base a esas directrices, y teniendo en cuenta las orientaciones de la Conferencia Episcopal de Guatemala, el Vicario regional en Guatemala aprobó un Protocolo para la investigación en caso de denuncias y otras noticias de abuso de menores en actividades apostólicas y de formación cristiana realizadas por la Prelatura del Opus Dei en Guatemala.
Sus normas son aplicables a sacerdotes incardinados en la Prelatura, y se aplican también a los fieles laicos de la Prelatura por acciones realizadas mientras desempeñen una actividad apostólica confiada a la Prelatura.
En el Protocolo se establece la figura del Coordinador de protección de menores, quien es el responsable de recibir las posibles denuncias y quien actúa conforme a las disposiciones previstas en el protocolo. El Coordinador de protección de menores en Guatemala es el Dr. Juan Felipe García, Médico y Cirujano, quien puede ser contactado a través del teléfono (502) 5123 0936. La Coordinadora adjunta es la Dra. Jary Leticia Méndez de Pinto.