El proceso de canonización, de acuerdo con las normas vigentes entonces, se terminó en 1961. En 1992, de acuerdo con las Normae Servandae de la Congregación y de la Divinus perfectionis Magister de Juan Pablo II, se llevó a cabo en la Diócesis de Madrid una Inquisitio Dioecesana Additionalis.
Finalmente, la Congregación dio el Decreto de aprobación del proceso, y en 2006 se depositó la Positio para determinar si vivió en grado heroico las virtudes cristianas.
El 6 de octubre de 2009, con la aprobación de la Congregación para las Causas de los Santos y del cardenal arzobispo de Madrid, sus restos se trasladaron a la capilla del Cristo de la madrileña parroquia de San Alberto Magno.
El 21 de diciembre de 2016 el Papa Francisco autoriza que la Congregación de las Causas de los Santos promulgue el decreto sobre las virtudes heroicas del siervo de Dios Isidoro Zorzano.
Información detallada en Cronología de la causa de canonización de Isidoro.