El 23 de marzo de 1994 murió Álvaro del Portillo. El papa Juan Pablo II envió un telegrama de condolencia y quiso ir a rezar personalmente ante los restos mortales del primer sucesor de san Josemaría.
«A las seis y media de la mañana del 23 de marzo, don Javier Echevarría telefoneó a Mons. Stanislaw Dziwisz, secretario personal de Juan Pablo II, pensando que podría informar al Santo Padre de la muerte de don Álvaro antes de comenzar a celebrar la Misa. Mons. Dziwisz le aseguró que lo comunicaría enseguida al Papa y que lo encomendaría en la Misa. Pronto sabría don Javier que no sólo había ofrecido la Misa por don Álvaro, sino que había invitado a unirse a esa intención a quienes concelebraban con él. Después llegó a la sede del Opus Dei un cariñoso y expresivo telegrama, con el consuelo y la bendición del Santo Padre.
Al final de esa mañana, el Prefecto de la Casa Pontificia, Mons, Dino Monduzzi, informó a don Javier Echevarría que el Papa saldría del Vaticano hacia las seis de la tarde, para rezar ante los restos mortales del Obispo Prelado del Opus Dei. Llegó a la hora prevista, acompañado por el Secretario de Estado, Cardenal Angelo Sodano, Mons. Monduzzi y Mons. Dziwisz. Ya en la nave central de la iglesia prelaticia, rezó de rodillas durante unos diez minutos, en medio de un silencio impresionante. Al levantarse, le sugirieron rezar un responso, pero prefirió incoar la Salve y tres Glorias; luego, pronunció las invocaciones Requiem aeternam dona ei, Domine y Requiescat in pace, y aspergió con agua bendita el cuerpo de don Álvaro. Después se volvió a arrodillar en el reclinatorio y, antes de salir, impartió la bendición a los presentes.
Cuando don Javier le agradeció en nombre de la Prelatura que hubiera acudido, Juan Pablo II contestó:
"—Si doveva, si doveva..."
Y preguntó en qué momento exacto había celebrado su última Misa en Tierra Santa.
Ya en la nave central de la iglesia prelaticia, Juan Pablo II rezó de rodillas durante unos diez minutos, en medio de un silencio impresionante
Como expresaría el Vicario general del Opus Dei al día siguiente, en la homilía del funeral celebrado en la propia iglesia de Santa María antes de las exequias, "os puedo confiar que era constante el ofrecimiento de su vida a Dios, por el Papa y por la Iglesia Santa. Tuve ocasión de comentárselo ayer al Santo Padre Juan Pablo II, cuando vino a rezar ante los restos mortales del Padre. Le dije, porque es la pura verdad, que la última Misa de su vida —la que celebró en la Iglesia del Cenáculo de Jerusalén— la ofreció, como siempre, por la persona e intenciones del Romano Pontífice"».
(Salvador Bernal, Recuerdo de Álvaro del Portillo, pp. 260-261)
«Al recibir la triste noticia del improviso fallecimiento de mons. Álvaro del Portillo, prelado del Opus Dei, dirijo a usted y a todos los miembros de la entera prelatura las más sentidas condolencias, mientras, recordando con ánimo grato al Señor la celosa vida sacerdotal y episcopal del difunto, el ejemplo de fortaleza y de confianza en la Providencia divina que dio constantemente, así como su fidelidad a la sede de Pedro y el generoso servicio eclesial como íntimo colaborador y benemérito sucesor del beato Josemaría Escrivá, elevo al Señor fervientes plegarias de sufragio para que acoja en el gozo eterno a este servidor suyo bueno y fiel y envío como consuelo de cuantos se han beneficiado de su dedicación pastoral y de sus selectas dotes de mente y de corazón una bendición apostólica especial. Ioannes Paulus PP. II».
(Telegrama al Vicario General de la Prelatura, 23-III-1994, en L'Osservatore Romano, edición en castellano, 25-III-1994)
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