Die äußeren, sich im Laufe des Krieges verändernden Umstände erzwangen verschiedene Verhaltensweisen.
Während seines Aufenthalts in Madrid vom 18. Juli 1936 bis zu dem Zeitpunkt, da er Zuflucht in der Gesandtschaft von Honduras fand, musste er aufgrund der religiösen Verfolgung auf alle äußeren Zeichen seines Priestertums verzichten. Auch die Eucharistie konnte er, wie alle anderen Priestern in ähnlicher Situation, nur insgeheim feiern.
Dennoch unterließ er es nicht, immer, wenn die Situation es erforderte, seine Eigenschaft als Priester zu erklären, um jenen geistlichen Beistand zu geben, die ihn darum baten. Ihm war klar, das er dadurch sein Leben in Gefahr brachte, denn man hätte ihn verraten, d.h. unter der Angabe des Priesterberufes denunzieren können.Am 30. August 1936 hatte der hl. Josefmaria zusammen mit Juan Jiménez Vargas in der Wohnung von Bekannten in der Sagasta-Straße Zuflucht gefunden.
Einer der dortigen Bewohner, Juan Manuel Sainz de los Terreros wusste nicht, wer Josemaría war. Jahre später erzählte er von dem, was passierte, als plötzlich Angehörige der Volksmiliz eindrangen und eine Hausdurchsuchung begannen: „Sie durchsuchten alle Räume vom Keller bis zur Dachkammer und inspizierten jede Etage. Bevor sie unsere Etage erreichten flohen wir über eine Innentreppe bis zu einer Dachkammer, die voll Kohlestaub, völlig verdreckt und mit allerlei Gerümpel angefüllt war. Die Decke war so niedrig, dass wir nicht stehen bleiben konnten. Es war unerträglich heiß. Wir hörten dann, wie sie mit der Durchsuchung der Nachbarkammer begannen.
Da wandte sich Josemaría mir zu und sagte: – Ich bin Priester. Wir befinden uns in einer schwierigen Lage. Wenn du willst, bete ein Reuegebet und ich gebe dir die Absolution.
Unerklärlicherweise kamen die Soldaten nicht in jene Dachkammer, obwohl sie bis dahin das ganze Haus untersucht hatten. Es war tapfer von Josemaria, mir zu sagen, er sei Priester, denn ich hätte ihn verraten können oder, falls sie hereingekommen wäre, hätte ich versuchen können, mein Leben durch Denunziation zu retten.“
Vgl. VÁZQUEZ DE PRADA, A., Der Gründer des Opus Dei, Josemaría Escrivá; Bd. 2; Die mttleren Jahre, Adamas Verlag, Köln 2004, S. 33
Als der hl. Josefmaria in die Gesandtschaft von Honduras kam, war es weniger riskant, seine priesterliche Funktion durch Predigt und Feier der hl. Messe für die dort Anwesenden auszuüben. Von dort aus schrieb er oft an Freunde und Bekannte. Dabei benutzte er Tarnwörter, um die Postzensur zu umgehen... So war Jesus „Don Manuel“ und für sich selbst benutzte er die Chiffre „El abuelo“ (der Großvater)“.
Ab September 1937 bekam er einen Ausweis, der ihm eine gewisse Bewegungsfreiheit erlaubte, wenn auch sein Leben weiterhin in Gefahr war. Er hielt sogar heimlich und unter tausend Vorsichtsmaßnahmen geistliche Exerzitien und betreute einige Ordensleute, die in Privatwohnungen Zuflucht gefunden hatten. Die Behauptung, er sei Arzt, erlaubte ihm, Beichte zu hören und die Krankensalbung zu spenden. So versah er unter anderem den Vater von Alvaro del Portillo mit den Sterbesakramenten.
Als er sich nach der Flucht über die Pyrenäen zuerst in Pamplona und dann in Burgos niederließ, änderte sich natürlich die Situation. Von Januar 1938 bis März 1939 blieb er in Burgos und entfaltete dort eine intensive Arbeit, besonders indem er die Kontakte zu Bekannten wieder aufleben ließ, von denen es viele an die verschiedenen Kriegsszenarien verschlagen hatte.
Vgl. VÁZQUEZ DE PRADA, A., Der Gründer des Opus Dei, Josemaría Escrivá; Bd. 2; Die mttleren Jahre, Adamas Verlag, Köln 2004, 10. Kapitel
Über den Aufenthalt in Burgos schreibt Pedro Casciaro 1938: „Viel Zeit verwendete er darauf, den Kontakt zu den Mitgliedern des Werkes zu halten, die es an die verschiedenen Kriegsfronten verschlagen hatte, um sie geistlich zu unterstützen. Dies zwang ihn, auf der spanischen Halbinsel herumzureisen, bei schlechtem Gesundheitszustand, äußerster Mittellosigkeit und großer Unbequemlichkeit.“(CASCIARO, P., Nicht einmal im Traum. Vorwort von Javier Echevarría, Adamas Verlag, Köln 2002, S. 181-182)
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