Comme l’immense majorité des Espagnols, saint Josémaria ignorait totalement que l’on préparât un coup d’État, prévu le 18 juillet. L’insurrection le surprit tout autant que des autres prêtres et des évêques.
À ce moment-là, il préparait les débuts du travail apostolique à Valencia et à Paris et il était en train d’aménager le nouveau siège de la résidence d’étudiants qui passait du 50 rue Ferraz au numéro 16. C’est dans ce foyer que la rébellion le surprit tout comme l’assaut de la Caserne de la Montaña, foyer de l’insurrection à Madrid, juste en face de chez eux. De ce fait, il ne put pas quitter cette maison pendant deux jours. Ce ne fut que le 20 juillet qu’il parvint à se réfugier chez sa mère.
Exposé désormais à cette persécution religieuse déclarée, il vécut dans la clandestinité jusqu’à la fin de l’année 1937 où il réussit à traverser les Pyrénées à pied pour rejoindre la zone de l’Espagne où il pouvait librement exercer son ministère sacerdotal.