Très différemment, en fonction des circonstances extérieures diverses de ce conflit.
Durant son séjour à Madrid, à partir du 18 juillet 1936 et jusqu’au moment où il trouva refuge à la légation du Honduras, il dut forcément renoncer aux signes extérieurs de sa prêtrise à cause de la persécution religieuse et, comme de nombreux prêtres dans ce cas, il fut tenu de dire la Messe clandestinement.
De toutes façons, dès que les circonstances le demandaient, il n’hésitait pas à manifester qu’il était prêtre pour prêter l’aide spirituelle à qui la lui demandait, sachant qu’il mettait sa vie en péril parce qu’il pouvait être trahi et dénoncé.
Le 30 août 1936, saint Josémaria et Juan Jimenez Vargas étaient cachés rue Sagasta, à Madrid, chez Manolo Sainz de los Terreros. Celui-ci avait invité un cousin, José Manuel Sainz de los Terreros, qui ignorait que saint Josémaria fût prêtre. Quelques années plus tard il raconta ce qui leur était arrivé lorsque les miliciens se sont soudainement présentés pour une perquisition.
“Ils fouillaient tout, des caves aux greniers. Après avoir fouillé les caves, ils passaient aux étages. Avant qu’ils n’atteignent le nôtre, nous avons pris l’escalier de service pour grimper au grenier plein de poussière à charbon et de vieilleries, comme toutes les mansardes. Nous ne pouvions pas nous mettre debout parce que nos têtes touchaient le plafond. Il faisait une chaleur insupportable. À un moment donné nous avons entendu qu’ils fouillaient la mansarde d’à côté.
Dans cette situation, don Josémaria s’est approché de moi pour me dire : Je suis prêtre, nous sommes en difficulté, si tu veux, fais un acte de contrition et je t’absous. Inexplicablement, après avoir fouillé toute la maison, ils ne sont pas rentrés dans cette mansarde. Il eut un grand courage à m’avouer qu’il était prêtre car j’aurais pu le trahir et s’ils étaient entrés, j’aurais pu sauver ma vie en le dénonçant ».
—Cf. VÁZQUEZ DE PRADA, A., Le Fondateur de l’Opus Dei, Vie de Josémaria Escriva de Balaguer, Tome II: Dieu et Audace !, Editions Le Laurier-Wilson & Lafleur, Paris, 2003, pages 30 et 31)
À la légation du Honduras, il était en mesure d’exercer plus aisément son activité sacerdotale, en prêchant et en disant sa messe pour ceux qui y étaient réfugiés.
Dans cette légation, il pouvait écrire des lettres aux amis, à ses connaissances, en langage codé à cause de la censure postale. Pour parler de Jésus-Christ, par exemple, il parlait de « Don Manuel » et lui-même était devenu « grand-père ».
À partir de 1937, il circulait plus librement à Madrid avec de faux documents. Cependant, il mettait sa vie en péril en prêchant des exercices spirituels, toujours clandestinement même s’il prenait toutes les précautions nécessaires. Il s’occupait de quelques communautés de religieuses, cachées chez des particuliers et il administrait les sacrements, notamment celui de la réconciliation et l’onction des malades, en se faisant passer pour un médecin. C’est ce qu’il fit au chevet du père d’Alvaro del Portillo lorsqu’il l’oignit du saint chrême.
Les circonstances changèrent durant son séjour à Pampelune et à Burgos, après avoir traversé les Pyrénées à pied. Il demeura à Burgos pendant un an et trois mois, de janvier 1938 à mars 1939. À partir de cette ville, il déploya une intense activité pastorale : il se déplaça pour entourer ses amis, répartis, pour la plupart sur les différents fronts de guerre.
(VAZQUEZ DE PRADA, A., Le Fondateur de l’Opus Dei, Vie de Josémaria Escriva de Balaguer, Tome II, Dieu et Audace !, Editions Le Laurier-Wilson & Lafleur, Paris, 2003, chapitre XI).
Voici ce que Pedro Casciaro dit à propos du séjour en 1938 de saint Josémaria à Burgos : « Il consacra beaucoup de temps à renouer avec les membres de l’Opus Dei disséminés dans les fronts de guerre et à s’en occuper spirituellement. Il parcourut la Péninsule en de piètres conditions, avec une santé fragile, beaucoup d’incommodités et une pauvreté extrême. »
(CASCIARO, P., Rêvez et la réalité dépassera vos rêves, témoignage d’un des plus anciens membres de l’Opus Dei sur son fondateur. Prologue de Xavier Echevarria, Editions le Laurier, Paris 1994)