Il a donc découvert ce pays au cours de ce premier voyage, en compagnie d’ailleurs de l’évêque de Tuy, ainsi que grâce à deux autres voyage au cours de cette même année. Les conversations avec le Cardinal patriarche de Lisbonne, et avec les évêque de Braga, Oporto, Coimbra et Leiria l’ont encouragé à commencer le travail apostolique de l’Opus Dei dans ce pays.
Un an plus tard, les premiers membres de l’Œuvre sont arrivés à Coimbra, pour faire des études post-doctorales et pour commencer une résidence universitaire dans cette ville. Plus tard la travail commencera à Oporto (1948) et Lisbonne (1951)
Jusqu’en 1972, saint Josémaria est souvent revenu au Portugal, attiré tout spécialement par Fatima. A tel point que Mgr Alberto Amaral, évêque de Leira-Fatima jusqu’en 1993, a souligné en une occasion que « saint Josémaria était le premier pèlerin élevé sur les autels »
La première version de Chemin en portugais a été éditée en 1946 ; ce livre a aidé à diffuser l’esprit de l’Opus Dei dans le pays.

En 1951, c’est au tour des femmes de commencer leur apostolat, et en 1954, de la société sacerdotale de la sainte Croix.
De nos jours, il y a environ mille quatre cents fidèles de l’Opus Dei au Portugal, répartis sur la totalité de la zone continentale, ainsi qu’à Madère et aux Açores.
Il y a des centres de la Prélature à Braga, Oporto, Miramar, Viseu, Coimbra, Lisbonne, Montemor-o-Novo et Ponta Delgada.