Les archives de l'Opus Dei ont commencé à être constituées entre 1953 et 1956, lorsque le Conseil central et le Conseil général de l'Opus Dei se sont installés à Rome. Ces organismes emportèrent avec eux la documentation des années précédentes qui était conservée à Madrid. À Rome, ce matériel a été conservé sans organisation avec la nouvelle documentation générée à partir de ces années-là. Après la mort du fondateur, et à l'occasion de sa cause de canonisation, on s'est efforcé de retrouver tous ses écrits et documents.
Après plusieurs années d'étude, un ordre de classement a été établi en 2010 et la documentation a été cataloguée. Parallèlement ont débuté les travaux d'aménagement des locaux situés au 48 de la rue Bruno Buozzi, destinés à devenir le siège des Archives.
Quelques années plus tard, avec l'avancement de ces travaux, Mgr Fernando Ocáriz a officiellement créé les Archives Générales de la Prélature de l'Opus Dei (AGP) par un décret du 6 décembre 2017. En même temps, il a nommé le directeur des archives, qui est actuellement le prêtre et historien Francesc Castells.
Comme le précise le décret de fondation, dès que les Archives seront ouvertes, "la consultation des documents d'intérêt historique sera ouverte aux chercheurs, avec des exigences et des conditions à déterminer". Comme il est d'usage dans ce type d'institution, les conditions requises sont la possession d'un diplôme universitaire ou d'un doctorat, ou d'un diplôme équivalent, et la poursuite d'un objectif de recherche scientifique.
Actuellement, les archives historiques sont dans une phase avancée d'organisation et de classification, afin de permettre une bonne conservation et consultation des documents. Selon la planification et le rythme des travaux susmentionnés, l'objectif est d'ouvrir les archives à l'occasion du centenaire de l'Opus Dei, dans la période 2028-2030. D'ici là, les archives restent fermées. L'accès aux archives elles-mêmes et à l'Institut Historique Saint Josémaria sera autorisé de façon ponctuelle à certains chercheurs, en fonction des intérêts qui peuvent surgir sur des questions historiques touchant à l'Opus Dei et qu'il faut éclaircir à partir de documents.
Les archives, qui remontent à 1928 et même avant puisqu'elles comprennent des documents personnels du fondateur depuis son enfance, sont principalement constituées de la documentation résultant du travail des organes de gouvernement de l'Opus Dei : le prélat et ses deux conseils centraux, le Conseil général et le Conseil central. Il y a aussi d'autres documents provenant des circonscriptions régionales de l'Opus Dei.
Tout en progressant dans le catalogage, le personnel des Archives travaille à déterminer la documentation qui sera mise à la disposition des chercheurs. Comme toutes les archives ecclésiastiques, celle-ci est régie par les règles du droit canon. Elle tient également compte de la législation italienne en la matière et est soumise au règlement de l'Union européenne sur la protection des données qui fixe une période de réserve de la documentation, variable en fonction de son contenu. Par exemple, les documents contenant des données personnelles sensibles, comme la correspondance privée, doivent attendre une période particulièrement longue : 70 ans. Dans le cas particulier des documents relatifs aux papes, c’est la règle des Archives Apostoliques du Vatican qui est suivie, qui permet l'accès aux documents par pontificat après 70 ans à compter de la mort du pontife : actuellement jusqu'au pontificat de Pie XII (1939-1958).
Avec l’ouverture des Archives Générales de la Prélature, il est souhaité qu’un grand nombre de chercheurs puissent y accéder et contribuer à éclairer l’histoire et le contexte de cette institution de l’Eglise.