Josemaría volvió a Madrid en 1939, al final de la Guerra Civil. Allí reanudó la labor apostólica del Opus Dei. En 1940, además de la residencia de estudiantes (que reconstruyeron en la calle de Jenner), comenzó un nuevo centro del Opus Dei. Un año después, falleció doña Dolores, la madre de Josemaría, lo que supuso un gran sufrimiento para él.

Poco tiempo después, inició el primer centro de mujeres de la Obra, ubicado en la calle de Jorge Manrique, y en 1944 el obispo de Madrid-Alcalá ordenó a los tres primeros sacerdotes del Opus Dei. Con un nuevo impulso, la Obra dio sus primeros pasos en un nuevo país, tierra de la Virgen de Fátima: Portugal.

Después de muchos años de guerra, Josemaría tenía un gran anhelo de regresar a Madrid con la ilusión de retomar la labor había iniciado ahí hace algunos años.

Escribía en una carta: “En el nombre del Padre y del Hijo y del Espíritu Santo y de Santa María. Jesús bendiga a mis hijos y me los guarde. Siento la moción de Dios, para escribiros en estas vísperas de la toma victoriosa de Madrid. Está próximo el día de volver a nuestro hogar, y es menester que pensemos en la recuperación de nuestras actividades de apostolado” [1].

A Josemaría lo consumía el deseo de hacer realidad los sueños de Dios –sueños de Dios que había hecho también muy propios–. Mientras su carta cruzaba fronteras, barrios y ciudades para alcanzar a los miembros de la Obra que habían sobrevivido los años de la guerra, había llegado una noticia de gran trascendencia para la Iglesia: el Papa Pío XI había fallecido. Tres semanas después se anunciaba la elección de una nueva cabeza de la Iglesia, el Papa Pío XII.

Días más tarde, el lunes 27 de marzo de 1939, Josemaría tomó un camión de aprovisionamiento militar. Sentado junto al conductor, finalmente emprendió el viaje de regreso a Madrid. Tras pasar la noche en Cantalejo, pudo entrar caminando a la capital. Llevaba puesta la sotana. “La emoción era incontenible. Posiblemente era el primer sacerdote que veían con sotana por la calle desde julio de 1936. La gente se abalanzaba a besarle la mano, y don Josemaría les tendía un crucifijo”[2].

Una de las primeras cosas que hizo fue visitar y abrazar a su madre y hermanos. También se encontró con algunos miembros de la Obra, entre ellos Álvaro del Portillo, y organizó un curso de retiro para jóvenes. Al recorrer la calle de Ferraz, pudo comprobar que la residencia, que tanto esfuerzo había implicado, estaba totalmente destruida. Tras el natural impulso de tristeza, nuevamente a empujar. Hacia mediados de 1939 comenzó nuevamente Josemaría a realizar las averiguaciones y obras necesarias para volver a abrir la residencia universitaria.

Así, cuando se inauguró el curso de 1939-1940, más de veinte fueron los estudiantes que formaron parte de la primera generación de la residencia ubicada en el número 6 de la calle de Jenner. Poco a poco, y con la ayuda imprescindible de su madre y sus hermanos –especialmente de Carmen–, Josemaría puso en marcha las labores de la residencia.

El ambiente, sin embargo, no era fácil. En una ocasión, pocos meses después de su regreso a Madrid, Josemaría cogió un taxi en la ciudad y se puso a charlar con el conductor: le habló de Jesús y de cómo nos llama a santificarnos por medio del trabajo. El taxista le escuchaba pero no decía nada. Finalmente, al llegar a su destino, el conductor preguntó:

— "Oiga, ¿dónde estaba usted durante el tiempo de la guerra?"

— "En Madrid", le contestó el sacerdote.

— "¡Lástima que no le hayan matado!", contestó el taxista.

Josemaría, entonces, preguntó al taxista:

— "¿Tiene usted hijos?"

El taxista asintió con la cabeza y Josemaría le dio una propina diciéndole: "Tome, para que compre unos dulces a su mujer y a sus hijos".

En 1940, se abrió un nuevo centro del Opus Dei ubicado en la calle de Diego de León. Conforme la labor aumentaba –y también el número de jóvenes que pedían su admisión en el Opus Dei– Josemaría pidió a Álvaro del Portillo, que lo ayudara en la dirección de la Obra.

Cuando la Residencia de Jenner comenzó a funcionar cierta estabilidad, Josemaría animó a los jóvenes del Opus Dei a ampliar su horizonte, pues –como solía decir–: “de cien almas, nos interesan las cien”. Deseaba que ninguna persona se quedara sin conocer a Dios. Así, comenzaron a hacer viajes los fines de semanas a distintas ciudades de España: Valencia, Valladolid, Salamanca, Zaragoza, Barcelona. Además, Josemaría sentía interiormente una fuerte responsabilidad por servir a la Iglesia en todo lo que el obispo le pidiera. Por ello, dedicaba muchos días a predicar cursos de retiro para sacerdotes diocesanos.

Precisamente, Josemaría se encontraba predicando un curso de retiro para sacerdotes en la ciudad de Lleida cuando recibió una llamada de Álvaro: “Padre, la Abuela ha muerto, oí a Álvaro. Volví a la capilla, sin una lágrima. Entendí enseguida que el Señor mi Dios había hecho lo que más convenía: y lloré, como llora un niño, rezando en voz alta: Hágase, cúmplase, sea alabada y eternamente ensalzada la justísima y amabilísima Voluntad de Dios, sobre todas las cosas. Amén. Amén” [3].

Un amigo suyo le prestó un coche para poder regresar a Madrid lo antes posible. Josemaría, en voz baja, protestaba, dolido: “Dios mío, Dios mío ¿qué has hecho? Me vas quitando todo; todo me lo quitas” [4]. Mostraba una vez más ese trato lleno de confianza con el Señor, que también le llevaba a reclarmarle como un amigo. Y es que todos –don José, doña Dolores, Carmen, Chon, Lola, Rosario y Santiago– habían, de una forma u otra, sido parte de la misión que Dios había encomendado a Josemaría. Así pasa: la vocación nunca se lleva en soledad. Dios cuenta con las personas a nuestro alrededor que la saquemos adelante.

Se ve que Doña Dolores continuó ayudando a su hijo desde el Cielo, especialmente en lo que se refería a las mujeres de la Obra. Poco a poco, fueron llegando las primeras: Lola, Amparo, Nisa, Encarnita, Dora, Julia, Guadalupe… Con optimismo y mucho empeño, sacaron adelante el primer centro del mujeres del Opus Dei, en una casa ubicada en la calle de Jorge Manrique, número 19. Josemaría tenía en ellas mucha confianza, recordando quizá aquel punto de Camino: “Más recia la mujer que el hombre, y más fiel, a la hora del dolor. —¡María de Magdala y María Cleofás y Salomé! Con un grupo de mujeres valientes, como ésas, bien unidas a la Virgen Dolorosa, ¡qué labor de almas se haría en el mundo!” [5].

El 14 de febrero de 1943, día en que se cumplían 13 años desde el inicio de la labor con mujeres de la Obra, Dios le hizo ver a Josemaría cómo podrían formar parte también los sacerdotes. El fundador se deba cuenta que “sin sacerdotes, quedaría incompleta la labor iniciada por los socios laicos del Opus Dei” [6]. Así, el 25 de junio de 1944, tres miembros del Opus Dei fueron ordenados sacerdotes por el obispo de Madrid-Alcalá: Álvaro del Portillo, José María Hernández Garnica y José Luis Múzquiz.

A la par de esta gran alegría, Josemaría sufrió la muerte de otra persona muy querida: Isidoro, su amigo del Instituto y uno de los primeros miembros de la Obra. Isidoro murió el 15 de julio de 1943, a los 40 años, a causa de un cáncer linfático. Josemaría envió un telegrama a todos los centros de la Obra para pedir oraciones; estaba seguro que, desde el Cielo, Isidoro seguiría siendo un fiel amigo.

El final de la Segunda Guerra Mundial hizo posible que Josemaría pudiera viajar a otros países para acercar el mensaje de la Obra a más personas. En febrero de 1945, Josemaría visitó Portugal, ocasión en la que pudo visitar a sor Lucía (una de las videntes de Fátima) en su convento. Sor Lucía, tras conversar un rato con él, lo animó a empezar la labor del Opus Dei en Portugal y lo ayudó con varias gestiones. Así, el día 6 de ese mismo mes, Josemaría visitó el Santuario de Fátima y pidió a la Virgen por el futuro de la Obra en esas tierras.