W okresie wakatu na stanowisku prałata władzę w Opus Dei sprawuje wikariusz pomocniczy. Wikariusz pomocniczy ma obowiązek zwołać kongres wyborczy w przeciągu miesiąca od śmierci poprzedniego prałata. Wybór nowego prałata musi nastąpić przed upływem trzech miesięcy od momentu rozpoczęcia okresu wakatu (por. Statuty, 149 §§1-2).
Elektorzy to wierni Opus Dei uczestniczący w kongresie wyborczym (ściśle mówiąc chodzi o kongres generalny wyborczy; kongres generalny zwołuje się nie tylko dla wyboru nowego Prałata). Mogą być nimi kapłani i świeccy mający co najmniej 32 lata i przynależący do Opus Dei przynajmniej 9 lat. Elektorzy pochodzą z krajów gdzie Opus Dei prowadzi pracę duszpasterską (por. Statuty, 130 §2). Statuty nie określają limitu elektorów. W dotychczasowych kongresach brało udział około stu elektorów.
Elektorów, czyli członków kongresu generalnego, mianuje dożywotnio Prałat, po zapoznaniu się z opinią komisji regionalnej (rada wspomagająca wikariusza regionalnego w danym regionie) i dotychczasowych członków kongresu z danego regionu. Jego decyzja musi za każdym razem uzyskać poparcie większości głosów członków Rady Generalnej (por Statuty, 130 §2).
Prałatem może być wybrany kapłan, który skończył 40 lat, jest członkiem kongresu generalnego, należy do Prałatury przynajmniej od dziesięciu lat i ma za sobą co najmniej pięć lat kapłaństwa (por. Statuty, 131, 1º).
Statuty wymieniają różne cechy, które powinna posiadać osoba, aby dobrze wypełniać zadania prałata. Ma wyróżniać się takimi cnotami jak: miłość, roztropność, pobożność, umiłowanie Kościoła i Papieża, wierność Opus Dei. Ma posiadać głęboką kulturę i znajomość zarówno nauk kościelnych jak i świeckich, a ponadto mieć zdolności kierownicze (por. Statuty, 131, 2º i 3º). Wymogi te są sformułowane analogicznie do charakterystyki kandydatów do episkopatu, którą znajdujemy w prawie kanonicznym (por. KPK, kan. 378, §1).
Wskazanie nowego prałata następuje drogą wyboru kanonicznego, regulowanego przez Kodeks Prawa Kanonicznego dla różnych instytucji kościelnych (por. kan. 164-179; por. Konst. Apostolska Ut sit, art. IV). Konsekwencją faktu, że Prałatura uczestniczy w jurysdykcyjnej strukturze Kościoła, jest wymóg, że wybór kongresu musi zostać zatwierdzony przez Ojca Świętego (por. KPK, 178-179; Ut sit, IV; Statuty, 130, §1).