Antoni Pujals studiował prawo na Uniwersytecie w Barcelonie. Studia na wydziale teologii ukończył w Rzymie. Od 1980 do 2002 r. pracował w siedzibie centralnej w Rzymie u boku bł. Álvaro del Portillo oraz bp. Javiera Echevarríi. Doktoryzował się z prawa na Uniwersytecie św. Krzyża na podstawie pracy pt. "Relacja jurysdykcyjna wynikająca z inkardynacji w KPK z 983 r.".
Od 2002 do 2016 r. pełnił funkcje wikariusza Opus Dei w Katalonii. W styczniu 2017 r. został mianowany Wikariuszem sekretarzem centralnym przez ks. prał. Fernando Ocáriza. Dnia 14.05.2019 został mianowany Wikariuszem Generalny.