Ante la presión anticatólica de la FUE, lo primero que promueve Isidoro es la federación malagueña de Estudiantes Católicos.
Establecido el contacto con los organismos directivos de la Confederación en Madrid, a finales de 1930, Zorzano comienza a moverse en Málaga. Como la ciudad no tiene universidad, habrá que reclutar asociados en la Escuela de Comercio, en el Instituto Provincial, en las escuelas —llamadas entonces Normales— donde se preparan futuros maestros y maestras, en la Academia Davó y, cómo no, en la Escuela Industrial.
Isidoro reúne en su pensión algunos alumnos. Para las asambleas generales, los jesuitas le ofrecen su local de conferencias, pero Zorzano piensa que tendrán más resonancia si se celebran en algún teatro público. Para el día 25 de enero (1931) cuenta con más de 200 socios.
El domingo 15 de febrero, a las 10.30 de la mañana, se celebra en el cine Petit Palais la Junta General de Constitución. El acto, al que asistió un representante del Gobernador civil, se desarrolló sin incidentes pero con entusiasmo. La prensa dará el lunes cumplida referencia: «El ingeniero industrial y catedrático don Isidoro Zorzano, hizo uso de la palabra y dijo:Estudiantes malagueños, en nombre de la Confederación de Estudiantes Católicos de España, a la que tengo el honor de representar en estos momentos, como delegado suyo, os dirijo la palabra...». Isidoro explica la naturaleza de la organización y analiza las tres dimensiones —moral, intelectual y física— en que debe desarrollarse el estudiante. La Confederación tiene por objeto orientarlo «considerándolo como individuo y como colectividad».
Los asambleístas eligieron la Directiva, de la que Isidoro no forma parte, por no ser estudiante. Sí queda nombrado Presidente Honorario. Su deseo era poner en marcha la federación y retirarse de la escena. Pero antes habrá de recibir alguna dentellada.
En la Escuela Industrial hay estudiantes católicos y otros que no lo son. Discuten entre sí con tal ardor, que casi llegan a las manos. El asunto trasciende hasta los periódicos, que ponen a Isidoro en la picota: «...Determinado grupo de alumnos estaban realizando una activa campaña, al parecer, con sus ribetes de política. Durante estas últimas semanas, han repartido con profusión, en el local de la citada Escuela, multitud de hojas entre los alumnos, a los cuales para decidirles a sumarse a sus listas, les hacen ver el agrado con que determinado profesor vería su incorporación». El diario, con tono en apariencia ecuánime, pide la cabeza de Zorzano: «Nos decidimos a llamar la atención del digno Claustro y Director del Establecimiento, para que con su indiscutible autoridad dicten las medidas que crean convenientes en evitación de algo más grave que lo apuntado, [...] en vista de que el Director no ha intervenido aún en asunto tan delicado. Confiamos en que modifique su criterio y proceda con la entereza que es menester».
Los compañeros de trabajo emiten un voto de censura y prohíben a Isidoro, como ingeniero, su actividad en favor de la federación.
Algunos alumnos denuncian al profesor como causante del malestar; y el Director de la Escuela censura, con un escrito formal, su conducta. Zorzano presenta la dimisión que, mientras duren las discusiones, no es aceptada por el Claustro. Le obligan, en cambio, a redactar un oficio en el que se compromete a no tomar parte en propagandas políticas o religiosas dentro de la Escuela.
Rotas ya las compuertas de la mesura y de la verdad, algunos estudiantes aprovechan la circunstancia para cargar sus deficientes progresos académicos en la cuenta de Isidoro: le acusan, falsamente, de favorecer a los federados y protestan de que el texto de Electrotecnia resulta demasiado elevado. Se nombra una ponencia para examinar el libro, que es el mismo utilizado en otras escuelas.
Zorzano echa mano de toda su fortaleza cristiana y da la cara. Interrumpe las gestiones de traslado a Madrid: marcharse ahora sería como admitir en su conducta una incorrección, que no hubo. Por carta se desahoga con don Josemaría.
El Fundador sufre con la tribulación del ingeniero, por quien reza y hace rezar a otros. Está seguro de que «Dios lo arreglará no como yo deseo. ¡Mejor!». Así lo asegura en las cariñosísimas cartas que le dirige por estos días. Le recuerda que la Cruz es signo de predilección divina y que «¡siempre!, tras el Calvario [...] viene la gloria de la Resurrección». Le exhorta a intensificar la oración, a través de la Santísima Virgen, a comulgar diariamente, a ofrecer su dolor como expiación y a identificarse con la «justísima y amabilísima voluntad de Dios, sobre todas las cosas». También le aconseja no comentar el problema «con nadie más de lo indispensable y con mucha prudencia». En esto hace una salvedad: «que cuanto antes vayas a visitar al Señor Obispo» —Monseñor González García— «y no hagas nada en este asunto sin su aprobación. A este bendito Prelado debes hablarle con claridad de todo: te entenderá bien [...]. No dejes de ir en cuanto puedas».
Por detrás de todo andaban las fuerzas laicistas. Y una parte de los compañeros de claustro quizás estuvieran acobardados por la situación política del país.
El 14 de febrero el general Berenguer ha dimitido como Presidente. El gobierno del almirante Juan B. Aznar, que toma posesión el día 18, sólo adopta una medida: convocar elecciones —municipales, provinciales, de diputados y senadores— para los días 12 de abril y 3, 7 y 14 de mayo. En ellas se ventilaría la disyuntiva monarquía-república.
Para mediados de marzo ya se han calmado las aguas en la Escuela Industrial. Isidoro puede comunicar la casi completa desaparición de «las pequeñas nubecillas, rastros pudiéramos decir, que quedan de lo que fue oscuro nublado y que el Amo ha querido fuera desapareciendo». Toda la atención se centra en los preparativos electorales.