La guerra había dejado en el país un clima de recelos y sospechas; y tras la persecución religiosa, don Josemaría tuvo que sufrir una nueva persecución, esta vez contra su predicación y su figura: habladurías, murmuraciones, calumnias. Uno de aquellos ataques pudo costarle la vida: llegaron a denunciarle, en la espiral absurda de acusaciones sin fundamento, ante el terrible Tribunal para la represión del marxismo y la masonería.
Ante esos hechos, su enseñanza constante fue siempre olvidar y perdonar . Aconsejaba:
—No juzgues a los demás; —no ofendas ni siquiera con la duda; —ahoga el mal en abundancia de bien; —siembra lealtad, justicia y paz; —pasa por alto las interpretaciones torcidas; —habla cuando pienses en conciencia que debes hablar; —perdona, siempre, pronto, y todo con la sonrisa en los labios; —y deja todo en manos de nuestro Padre Dios.
Tenía los brazos abiertos para todos, aunque le hubiesen ofendido seriamente, y sembraba la paz y el perdón, en medio de aquel clima exaltado de odios y rencores. A uno, que le hablaba de venganzas y penas de muerte contra unas personas enemigas de la fe, le explicó que él, por el contrario, deseaba todo el bien a esas personas; y oraba para que se convirtiesen y se acercasen al Señor. A otro, que quería levantar una cruz donde habían asesinado a un pariente suyo, le aconsejó que no lo hiciera, porque —le dijo con claridad— le movía el odio hacia los asesinos, y el odio es incompatible con la Cruz de Cristo. Escribió en su libro Via Crucis : Hay que unir, hay que comprender, hay que disculpar. No levantes jamás una cruz sólo para recordar que unos han matado a otros. Sería el estandarte del diablo. La Cruz de Cristo es callar, perdonar y rezar por unos y por otros, para que todos alcancen la paz.
El 15 de julio de 1943, víspera de la Virgen del Carmen, falleció en Madrid, con fama de santidad, Isidoro Zorzano, uno de los primeros fieles del Opus Dei. En octubre de 1944, mientras predicaba unos Ejercicios Espirituales a los agustinos de El Escorial, diagnosticaron a don Josemaría una grave enfermedad: diabetes mellitus. Siguió predicando, a pesar de su grave estado físico. Y acogió estas nuevas penalidades redoblando su esperanza en Dios.
Mientras tanto, se fueron dando los primeros pasos de carácter jurídico y pastoral, y el 25 de junio de 1944 tuvo lugar la ordenación sacerdotal de tres fieles del Opus Dei: José María Hernández Garnica, José Luis Múzquiz, y Álvaro del Portillo, su más fiel e inmediato colaborador.
