En 1920 se trasladó al Seminario de Zaragoza para completar sus estudios. Tres años después, con permiso de sus superiores, inició la carrera de Derecho como alumno libre. Era un seminarista con afanes intelectuales, amante de la literatura, de carácter abierto y hondo trato con Dios; un trato que lo iba llevando, como a San Juan de la Cruz y a tantos místicos cristianos, hacia intimidades divinas de altura insospechada: Volé tan alto, tan alto... “Desde joven —afirma Ambrogio Eszer, relator General de la Congregación para las Causas de los Santos— el Señor le condujo a través de experiencias místicas que le llevaron a alcanzar las cumbres de la unión transformante: locuciones interiores, purificaciones y consolaciones que le hacían sentir en toda su humildad, la acción impetuosa de la gracia, y que, como todos los verdaderos místicos, acompañaba con un rigurosísimo esfuerzo ascético”.
En 1922 le nombraron inspector del Seminario. Desempeñó ese encargo con solicitud y caridad hacia los seminaristas. Me hicieron un gran bien —evocaba años más tarde—, yo recuerdo tantas virtudes de aquellos chicos, muchos de ellos después mártires. Tantas cosas maravillosas recuerdo. Y recuerdo (...) que iba anotando con alegría: van mejor, se les ve crecer, Dios está aquí en esta alma... tantas veces
Seguía pidiendo luces a Dios: Tenía barruntos de que el Señor quería algo: pasaron muchos años sin saber qué era, y –mientras– decía de continuo una jaculatoria acordándome del ciego del Evangelio, yo ciego también, en cuanto a mi porvenir y al servicio que Dios deseaba de mí: (...) que sea, que se haga eso que Tú quieres; que yo lo sepa, da luz a mi alma. Las luces no venían, pero evidentemente rezar era el camino .
El 27 de noviembre de 1924, de improviso, falleció su padre. Murió agotado , con sólo 57 años, pero estuvo siempre sonriente. A él le debo la vocación.
Otro cambio, doloroso e inesperado, en su vida: cuando sólo faltaban cuatro meses para su ordenación sacerdotal, se convirtió, de repente, en cabeza de familia. Los Escrivá estaban en una coyuntura económica difícil y a partir de aquel momento dependían de él, su madre, su hermana Carmen y su hermano Santiago, nacido en 1919.
Aceptó la voluntad divina uniéndose al dolor de Jesús, que también sufrió por cumplir la Voluntad del Padre. No fue una simple resignación : esa palabra no le parecía del todo cristiana: ¿Resignación?... ¿Conformidad?... ¡Querer la Voluntad de Dios! La aceptación rendida de la Voluntad de Dios —enseñaba— trae necesariamente el gozo y la paz: la felicidad en la Cruz. —Entonces se ve que el yugo de Cristo es suave y que su carga no es pesada.
El 28 de marzo de 1925 recibió la ordenación sacerdotal en la iglesia del Seminario de San Carlos. Había rezado allí durante noches enteras, en sus años de seminarista. Nunca olvidó la emoción de aquellos momentos: Aquí, en este altar —recordaba, años después—, yo me acerqué tembloroso para coger la forma sagrada y dar por primera vez la Comunión a mi madre.
Al día siguiente, dejó el Seminario. El día 30 celebró su primera Misa solemne en la Capilla del Pilar. El 31 partió hacia Perdiguera, su primer encargo pastoral.
