Han var doktor i civilrätt och kanonisk rätt och prästvigdes den 7 augusti 1955. Han arbetade mycket nära den helige Josemaría Escrivá, vars sekreterare han var från 1953 ända till dennes död 1975. Biskop Echevarría är medlem i Opus Deis generalråd sedan 1966.
1975, då monsignore Álvaro del Portillo efterträdde den helige Josemaría i spetsen för Opus Dei, utnämndes Javier Echevarría till generalsekreterare. 1982, när Opus Dei upprättades som personalprelatur, blev han prelaturens generalvikarie.
Han var medlem i Kongregationen för helgonprocesser samt i Den Apostoliska Signaturens högsta domstol. Han har deltagit i Generalförsamlingen för Biskopssynoden om Amerika (1997) och Europa (1999) samt i den ordinarie Generalförsamlingen 2001 och 2005.
Efter att ha blivit vald och utnämnd av Johannes Paulus II till Opus Deis prelat 20 april 1994, biskopsvigdes han av påven den 6 januari 1995 i Peterskyrkan.
Han var författare till andliga böcker såsom "Minnen av den salige Josemaría", "Det kristna livets vägar", "I Kyrkans tjänst", "Getsemane" och "Eukaristin och det kristna livet" (ej översatta till svenska).