Bil je doktor civilnega in doktor cerkvenega prava. V duhovnika je bil posvečen 7. avgusta 1955. Dolga leta je tesno sodeloval s svetim Jožefmarijem Escrivájem in bil njegov tajnik od leta 1953 do njegove smrti leta 1975. Od leta 1966 je član Generalnega sveta Opus Dei.

Leta 1975, ko je svetega Jožefmarija na čelu Opus Dei nasledil bl. Álvaro del Portillo, je je bil msgr. Javier Echevarría imenovan za generalnega tajnika. Ko je leta 1982 Opus Dei postal osebna prelatura, je bil imenovan za generalnega vikarja Prelature.

Bil je član Kongregacije za zadeve svetnikov in Vrhovnega sodišča apostolske signature. Sodeloval je na splošnem zasedanju škofovske sinode o Ameriki (1997) in o Evropi (1999) ter na rednem splošnem zasedanju v letih 2001 in 2005.

Po njegovi izvolitvi in imenovanju za prelata Opus Dei s strani sv. Janeza Pavla II., 20. aprila 1994, je po papeževih rokah 6. januarja 1995 v Baziliki sv. Petra prejel škofovsko posvečenje.

Bil je avtor duhovnih knjig kot so Memoria del beato Josemaría (Spomin na bl. Jožefmarija), Itinerarios de vida cristiana (Poti krščanskega življenja), Para servir a la Iglesia (Da bi služili Cerkvi), Getsemaní (Getsemani), Eucaristía y vida cristiana (Evharistija in krščansko življenje) ter Vivir la Santa Misa (Živeti sv. mašo).