Вводная сессия епархиального этапа прошла под председательством архиепископа Гватемальского монсеньора Просперо Пенадос дель Баррио.
Епархиальный процесс относительно его жизни и добродетелей проходил в Гватемале с 31 июля 2000 г. по 5 апреля 2001 г.
5 апреля 2001 г., по окончании опросов свидетелей и сбора всех документов по делу, епархиальный этап завершился. Акты были переданы в Конгрегацию по делам святых в Рим 5 мая 2001 г.
Имеются свидетельства о ниспосланных по заступничеству Эрнесто Кофиньо милостях, полученные со всей Центральной Америки, а также из Мексики, США, Австралии, Испании и Польши.