Prelatul - și, în locul său, vicarii sale - exercită puterea de jurisdicţie în Opus Dei ca Ordinariu propriu al prelaturii.

Actualmente, prelatul Opus Dei este Mons. Fernando Ocáriz.

Vicarul general este Mons. Mariano Fazio.

Vicarul secretar central este pr. dr. Antoni Pujals.

Curia prelaturii are sediul central pe Viale Bruno Buozzi 73, 00197 Roma, ITALIA.

Prelatura Opus Dei este condusă pe baza normelor de drept canonic general al Bisericii, constituţiei apostolice Ut sit şi statutelor proprii sau Codului Canonic particular al Opus Dei. Codul de Drept Canonic din 1983 descrie normele fundamentale pentru organizarea prelaturilor personale (canoanele 294-297).
Preoţii Prelaturii depind în totalitate de prelat, care le stabileşte responsabilităţile pastorale iar aceştia le îndeplinesc în uniune strânsă cu activităţile pastorale diecezane. Prelatura îşi asumă responsabilitatea pentru întreţinerea financiară a preoţilor săi. Credincioşii laici depind de prelat în tot ceea ce priveşte misiunea specifică a Prelaturii. Ei se supun autorităţilor civile la fel ca ceilalţi cetăţeni, şi celorlalte autorităţi bisericeşti la fel ca ceilalţi laici catolici.

La conducerea Opus Dei, prelatul este asistat de un consiliu de femei, Consiliul Central, şi de unul de bărbaţi, Consiliul General, amândouă cu sediul la Roma.

La conducerea Opus Dei, prelatul este asistat de un consiliu de femei, Consiliul Central, şi de unul de bărbaţi, Consiliul General, amândouă cu sediul la Roma.
Conducerea Prelaturii este colegială: prelatul şi vicarii săi îşi îndeplinesc sarcinile în colaborare cu consiliile respective, formate în majoritate din laici.
Congresele generale ale Prelaturii au loc de obicei la fiecare opt ani. La aceste congrese participă membri din ţările în care este prezent Opus Dei.
La aceste congrese este examinată activitatea apostolică a Prelaturii şi se prezintă prelatului liniile directoare pentru activităţile pastorale viitoare. Cu ocazia acestor congrese prelatul îşi reînnoieşte consiliile.

Prelatura este împărţită în zone sau teritorii, numite regiuni. În fruntea fiecărei regiuni (al cărei teritoriu poate sau nu să coincidă cu o ţară) există un vicar regional cu două consilii: Consiliul Regional pentru femei şi Comisia Regională pentru bărbaţi.
Anumite regiuni sunt împărţite la rândul lor în delegaţii, cu un teritoriu mai redus, conduse de un vicar al Delegaţiei şi de două consilii.
La nivel local se afla centrele Opus Dei, care se ocupă cu formarea şi asistenţa pastorală a credincioşilor Prelaturii din teritoriul respectiv.
Centrele sunt de femei sau de bărbaţi. Fiecare centru are un consiliu local, prezidat de un laic (directorul sau directoarea centrului) şi de încă cel puţin doi credincioşi ai Prelaturii. Pentru asistenţa preoţească a credincioşilor fiecărui centru, prelatul desemnează un preot din prezbiteriul său.
Nici o funcţie de conducere, în afară de cea a prelatului, nu este pe viaţă.
Toţi credincioşii Prelaturii îşi asigură existenţa lor şi a familiilor lor din munca profesională obişnuită. Pe lângă asigurarea existenţei proprii, membrii şi colaboratorii Opus Dei îşi asumă răspunderea cheltuielilor specifice legate de îndeplinirea activităţilor pastorale ale Prelaturii.
Acestea sunt reprezentate în esenţă de întreţinerea şi formarea preoţilor Prelaturii, cheltuielile Curiei Prelaturii şi cele legate de sediul acesteia, precum şi de conducerile regionale sau delegaţii şi de operele de binefacere ale Prelaturii.
Evident, credincioşii din Opus Dei ajută şi bisericile, parohiile, etc.