Doctor în Drept şi în Drept Canonic. Hirotonit preot pe 7 august 1955, a fost colaborator apropiat al Sfântului Josemaría Escrivá şi din 1953 până la moartea sa, survenită în 1975, a fost secretarul său. Din 1966 este membru al Consiliului General al Opus Dei.

În 1975, când Mons. Álvaro del Portillo îi succedă lui Josemaría Escrivá la conducerea Opus Dei, Javier Echevarría a fost secretarul general. În 1982, înfiinţarea din Opus Dei în Prelatură personală, devine Vicar General.

Este membru al Congregaţiei pentru Cauzele Sfinţilor şi al Tribunalului Suprem Signaturii apostolice. A participat la Adunarea Generală a Sinodolui episcopilor privind America (1997) şi Europa (1999), aşa cum în Adunarea Generală ordinară în 2001 şi 2005.

În urmă alegeri sale şi a numiri de către Ioan Paul II a prelat al Opus Dei pe 20 aprilie 1994, a primit prin mâinile Papei hirotonirea episcopală pe 6 ianuarie 1995 la bazilica Sfântului Petru.

Este autorul carţilor de spiritualitate ca "Amintire a fericitului Josemaría", "Itinerariile vieţii creştine", "Pentru a sluji Biserica", "Ghetsemani" şi "Euharistia şi viaţa creştină".

A murit la 12 decembrie 2016 la vârsta de 84 de ani.