30 września 1936 roku. Od ponad miesiąca Hiszpania jest podzielona na dwie frakcje, zwalczające się w krwawej wojnie domowej. Tak jak wielu innych księży, również i Josemaría ryzykował życiem, będąc zmuszonym do ciągłej zmiany kryjówki. Przed domem jego matki milicjanci powiesili człowieka podobnego do niego z wyglądu, myśląc, że był to Josemaría Escrivá. Ukrywał się w domu przyjaciół, razem z Juanem – jednym z pierwszych członków Dzieła – i pewnym chłopcem, którego znał zaledwie od dwóch dni. Mniej więcej o godzinie drugiej po południu oddział milicjantów zadzwonił do drzwi. Przetrząsali domy, jeden po drugim, w poszukiwaniu wrogów, których mogliby zamordować, w szczególności księży i zakonników. Starsza służąca tworzyła drzwi i tak głośno, aby było ją słychać w całym domu, powiedziała: „Ach! Przychodzicie przeszukać dom... Państwa nie ma, ale wejdźcie do środka i rozgośćcie się!”.

Cała trójka uciekła szybko po schodach na górę i ukryła się na dachu. Było tam ciasno i duszno, sufit był bardzo nisko, wszystko pokryte pyłem węglowym. Schowali się za starymi meblami. W nieznośnej ciszy mijały im długie godziny a upał stawał się coraz bardziej nieznośny. Wtedy usłyszeli zbliżających się milicjantów, którzy przeszukując dom zmierzali ku poddaszu. Weszli do przyległego pomieszczenia. Josemaría wyszeptał do obydwu chłopców: „Sytuacja jest krytyczna. Jeśli chcecie, wyraźcie skruchę, a ja udzielę wam rozgrzeszenia”. Tak też uczynił. Juan zapytał: „Ojcze, co się stanie, jeśli nas zabiją?”. „Pójdziemy prosto do nieba, mój synu”. Uspokoiło to Juana tak, że po chwili zasnął. Pozostała dwójka nadsłuchiwała, jak pokój obok jest przeszukiwany. Teraz przyszła kolej na ich kryjówkę.

Ale jednak nie! Zeszli z powrotem na dół i opuścili dom! Cała trójka odetchnęła z ulgą, ale nadal siedzieli cicho, aż do dziewiątej wieczorem, kiedy to zamknięto bramę kamienicy. Byli zlani potem, prawie umierający z pragnienia, brudni i roztrzęsieni. Któryś z chłopaków zszedł na dół i zapukał do jednego z mieszkań:

„Czy mógłbym prosić o szklankę wody?”.

Zdziwiona kobieta pozwoliła mu wejść.

„Na górze są jeszcze dwie osoby.”

„Więc proszę je szybko przyprowadzić!”.

Mogli się umyć i przebrać. Josemaría uśmiechał się podsumowując całe wydarzenie morałem: „Do dziś nie zdawałem sobie sprawy, ile może być warta szklanka wody!”.

Gospodyni zaproponowała im gościnę, której naturalnie nie odrzucili. Następnego dnia rozpoczęły się dalsze przeszukiwania domów. Milicjanci często pukali do drzwi, wynajdując jakiś powód. Za każdym razem wszyscy trzęśli się ze strachu. Gospodyni zaproponowała, by odmówić różaniec. Josemaría podchwycił tę propozycję, nie zatajając swojej tożsamości. „Ja poprowadzę modlitwę. Jestem księdzem.”

Dzień później podziękował goszczącej ich rodzinie, mówiąc, że natychmiast opuszcza ten dom, by nie powodować większego zagrożenia. I ponownie udał się na poszukiwanie kryjówki, choć żadna nie mogła być uważana za bezpieczną.

Wraz z wybuchem wojny nieliczni jeszcze członkowie Opus Dei, byli zmuszeni do rozproszenia się. Ojciec – tak go czule nazywali jego duchowi synowie – przenosił się z jednego schronienia do drugiego, przy całym towarzyszącym temu niebezpieczeństwie. Bohatersko odrzucił najpewniejszą kryjówkę, gdyż nie pasowała do jego stanu kapłańskiego. Niekiedy najbardziej bezpiecznym miejscem była ulica, więc bywało, że chodził od rana do wieczora po mieście, wmieszany w tłum.

Pośród całego tego niebezpieczeństwa w dalszym ciągu, kiedy tylko było to możliwe, odprawiał Msze Święte i sprawował opiekę duchową, zarówno nad członkami Dzieła, z którymi jeszcze był w kontakcie, jak również nad wieloma innymi osobami. Prowadził nawet rekolekcje, umawiając się często w nieprawdopodobnych miejscach. Dochodziły do niego wiadomości o zaprzyjaźnionych księżach, którzy ponieśli śmierć męczeńską.

Na kilka tygodni znalazł tymczasowe schronienie w klinice psychiatrycznej, gdzie – za wiedzą i zgodą dr Suilsa – stawił się jako umysłowo chory. Ostatecznie z kilkoma przyjaciółmi otrzymał azyl w konsulacie Hondurasu. Taka placówka dyplomatyczna gwarantowała nieco bezpieczeństwa. Jednak tego typu miejsca były przepełnione uchodźcami, racje żywności - bardzo skąpe, atmosfera zaś przygnębiająca i napięta.

Ojciec zorganizował plan zajęć dla młodych ludzi. Zatroszczył się o to, aby poświęcali czas na naukę, nauczał ich i nawet dyskretnie przechowywał Najświętszy Sakrament w małym meblu zamykanym na kluczyk. Jednak największym szczęściem było to, że mógł praktycznie każdego dnia odprawiać Mszę Św. Isidoro Zorzano, który jako argentyński obywatel mógł się swobodnie poruszać, podtrzymywał kontakt pomiędzy Ojcem i pozostałymi członkami Dzieła poza konsulatem.

Jednak jak długo może trwać ta wojna? Kiedy skończą się prześladowania? Jak długo można jeszcze trwać w tej sytuacji, bez żadnych możliwości rozszerzania Dzieła? Wiele myślał nad tym, radził się młodych, którzy za nim poszli. Tak, musieli spróbować dotrzeć do drugiej części Hiszpanii, gdzie było możliwe normalne życie chrześcijańskie. Jedyna droga, niebezpieczna i niepewna, prowadziła przez Francję i Pireneje. Było to we wrześniu 1937 roku.

Bardzo łatwo było zadać sobie pytanie o powód, dla którego tyle przeszkód stawało na drodze tak jawnie boskiemu przedsięwzięciu. Dlaczego Bóg pozwalał, by przeszkadzano mu w ten sposób? Ale młody ksiądz, który już jako dziecko poznał smak goryczy i dotkliwych przykrości, stał się ekspertem w nauce krzyża. Jego krzyż nie polegał na wytrzymywaniu bólu, ale na dogłębnym zrozumieniu dróg cierpienia, często zaskakujących, na których Chrystus triumfuje i zbawia. Był o tym przekonany przez całe życie. Tak pisał mówiąc o sobie: „Świętując uroczystość Podwyższenia Krzyża Świętego błagaj Pana wszystkimi włóknami twojej duszy, aby ci udzielił łaski umieszczenia Krzyża Świętego na szczycie wszystkich twoich zajęć i w twoich zmysłach ... Nowe życie! Pieczęć aby wzmocnić autentyczność twojego przesłania... cały twój byt na Krzyżu!”

Mimo wszystko decyzja o ucieczce nie była dla założyciela łatwa. Dręczyła go myśl o konieczności pozostawienia przyjaciół, matki i rodzeństwa w płonącym Madrycie. Z drugiej zaś strony nagliła go powinność popychania naprzód apostolstwa, o którym wiedział, że było wolą Bożą. I czy mu się to podobało, czy nie: było to możliwe tylko w drugiej części Hiszpanii.

10 października przybyli do Barcelony posługując się podrobionymi dokumentami. Stąd wyruszały grupy uchodźców, prowadzone przez górali, lub przemytników. Z uwagi na realne niebezpieczeństwo, proceder ten wymagał niezwykłej ostrożności. Głodni i bez pieniędzy, musieli przeczekać kilka dni, zanim znaleźli przewodnika, który zorganizowałby ich przemarsz. W drugiej połowie listopada mogli w końcu wyruszyć.

Przejście przez góry, późną, chłodną jesienią, marsz nocą i ukrywanie się za dnia, bez jakiegokolwiek sprzętu, skrajnie wycieńczeni miesiącami biedy, w ciągłej obawie przed złapaniem i rozstrzeleniem... było to ciężkie przedsięwzięcie dla każdego, a szczególnie dla tych wypróbowanych wcześniej przez długą i nieludzką wojnę. Poszczególne etapy ucieczki były liczne i bardzo ciężkie. Bywało, że w tym samym miejscu musieli zatrzymać się na kilka dni: tak kazali im ich przewodnicy. Ojciec natychmiast przedstawił się jako ksiądz i tak często, jak było to tylko możliwe, odprawiał Mszę Św. Ostatnia, u wejścia do jaskini, odprawiona na klęczkach na kamieniu służącym za ołtarz, wzruszyła całą grupę: „Nigdy nie uczestniczyłem we Mszy takiej jak ta. Nie wiem, czy to ze względu na okoliczności, czy też dlatego, że ksiądz jest świętym” – napisał kilka lat później jeden z obecnych.

2 grudnia szczęśliwie przekroczyli granicę Andory, pozostawiając za plecami echo kilku niecelnych wystrzałów. Byli wycieńczeni, ale bezpieczni. Wielka śnieżyca zmusiła ich do zatrzymania się w księstwie na kilka dni. W końcu mogli ruszyć dalej. Ich droga prowadziła teraz przez Francję. Swój krótki pobyt w Lourdes wykorzystali, aby podziękować Matce Bożej. Kiedy w Hendaya ponownie wkraczali na hiszpańską ziemię, Ojciec zaintonował „Salve Regina”.