Izbio je španjolski Građanski rat istodobno kao i jedan od najnasilnijih razdoblje vjerskih progona u povijesti Crkve.

Dana 30. kolovoza 1936. godine, više od mjesec dana Španjolska je bila podijeljena na dvije frakcije i eksponencijalno je rasla opasnost od rata za istrebljenje svećenika. Život oca Josemarije, kao i brojnih drugih svećenika, bio je u opasnosti. Selio se iz jednog skrovišta u drugo. Militantne skupine su preko puta kuće njegove majke objesile čovjeka sličnog njemu misleći da je to on. Sada se nalazio u kući nekih prijatelja, skupa s Juanom – jednim od prvih članova Djela – i mladićem kojeg je sreo tek prije dva dana. Oko dva sata poslije podne grupa vojnika je pozvonila na vrata; pročešljavali su susjedstvo i intenzivno lovili neprijatelje. Glavne mete bili su katolici, posebno svećenici i vjernici. Glas starije sluškinje koja otvara vrata dovoljno je jak da ga čuju u cijeloj kući:

“Oh! Mora da ste ovdje zbog pretrage i zaplijene... vlasnik nije tu, ali ponašajte se kao kod kuće!“

Tri gosta žurno su stubama za služinčad pobjegla na tavan. Prostor je uzak, strop nizak, mnogo čađe, a bez prozračivanja. Čučnuli su iza nekog starog namještaja. Vrijeme se oteglo u beskraj. Vrućina postaje nesnošljiva. Sada čuju približavanje vojnika. Pri kraju svoje temeljite pretrage stigli su na zadnji kat i ušli u susjednu prostoriju. Otac šapuće dvojici mladića:

“U škripcu smo. Ako želite, pokajte se dok ja dajem odrješenje.”

Odriješi ih. Juan ga pita,

“Oče, što će se dogoditi ako nas ubiju?”

“Zašto, ići ćemo ravno u raj, sine moj.”

Juanu je ta misao bila toliko utješna da je zaspao. Druga dvojica slušali su detaljno pregledavanje susjedne prostorije. Sada je na redu njihovo skrovište...

Ali ne. Umjesto toga vojnici su sišli stubištem i nestali. Bjegunci su osjetili olakšanje, ali ostali su tamo do devet navečer, dok se glavna ulazna vrata zgrade nisu zaključala. Znojni, žedni, prljavi. Jedan od mladića silazi do jednog od stanova:

“Molim vas, možete li mi dati čašu vode?”

Sluškinja mu dopusti da uđe.

“Gore su još dvije osobe.”

“Pa reci im da odmah siđu dolje!”

Sada se mogu oprati i promijeniti odjeću. Otac se smijao izvlačeći pouku iz događaja:

“Sve do danas nisam znao vrijednost čaše vode!”

Rado su prihvatili gostoprimstvo one žene. Sljedećeg su dana vojnici nastavili s pretraživanjem zgrade. Često su joj kucali da traže pomoć sad s ovom, sad s onom stvari; svakog je puta drhtala od straha. Predložila je da mole krunicu, Otac ju je podržao ne krijući svoj identitet:

“Ja ću voditi. Ja sam svećenik.”

Sljedećeg dana zahvalio je svojim domaćinima, ali im je rekao da istog trena odlazi kako ih ne bi dalje dovodio u opasnost ili ugrozio. Još jednom se dao u očajnu potragu za skrovištem, ništa sigurnijim od prošloga.

Budući da je izbio rat, nekolicina članova Opusa Dei bili su prisiljeni razbježati se. Otac – kako su ga prozvali njegovi duhovni sinovi – selio je iz jednog skrovišta u drugo, uvijek u opasnosti. Hrabro je odbio nekoliko sigurnih mjesta za skrivanje koja nisu bila prikladna njegovom svećeničkom statusu. Ponekad je najsigurnije mjesto bila ulica kojom je hodao od jutra do večeri stapajući se s gomilom.

Teška vremena, apostolat i radost

Uza sve to nastavio je slaviti sv. Misu kada god je to bilo moguće i pružao je svećeničku pomoć mnogima, ne samo članovima Djela, nego svakome koga je mogao kontaktirati. Čak je propovijedao ugovarajući brojne sastanke na neobičnim mjestima. Stizale su vijesti o mučenim svećenicima, njegovim prijateljima.

Pronašao je trajno utočište u psihijatrijskoj bolnici gdje je uz suglasnost ravnatelja, Dr. Suilsa, proveo brojne mjesece glumeći ludilo. Konačno je uspio dobiti ulaz za sebe i nekoliko prijatelja u Konzulat Hondurasa. Diplomatski mu je status jamčio određenu sigurnost. Gradovi poput ovoga bili su prepuni izbjeglica, hrane je nedostajalo, vladala je potištenost i napetost. Otac Josemaría načinio je raspored za svoje mlade sljedbenike, s određenim vremenom za učenje i propovijed; čak je diskretno čuvao Presveti Sakrament u malenom stoliću. Najviše se radovao mogućnosti služenja sv. Mise svaki dan. Inžinjer Isidoro Zorzano, koji se kao argentinski državljanin mogao slobodno kretati, služio je kao kontakt s onima izvan konzulata.

Ali koliko će dugo ovaj rat trajati? Kada će progoni završiti? Koliko će dugo ostati zaglavljen u ovoj situaciji, bez mogućnosti za širenje Djela? Razmislio je o tome i konzultirao se sa svojim mladim sljedbenicima. Da, bilo je potrebno prijeći u drugi dio Španjolske gdje je bio moguć normalan kršćanski život. Jedini praktični način, iako nije jamčio uspjeh, bilo je prijeći Pirineje i doći tamo iz pravca Francuske. Bio je rujan 1937.

Prijelaz preko Pirineja

I bilo bi vrlo lako bilo kome na njegovom mjestu upitati se zašto tolike poteškoće pred projektom koji je očito Božji naum. Zašto Bog dopušta takve prepreke? Ali mladi svećenik koji je od djetinjstva naučio gutati gorak okus duboke tuge, bio je već stručnjak u znanosti križa. Nije to bila rezignacija već duboko razumijevanje puta patnje budući da je upravo na križu Krist pobijedio i spasio nas. U to je bio uvjeren cijeli svoj život. Napisao je, misleći na sebe, “Kada si slavio blagdan Uznesenja Svetog Križa zamolio si našeg Gospodina najiskrenije svim svojim srcem, da te obdari svojom milosti i tako ‘uzdigne’ Sveti Križ u tvojoj duši i tvojim osjetilima. Zatražio si novi život; da Križ stavi svoj pečat na njega, da potvrdi valjanost tvoje zadaće; da se cijelo tvoje biće odmori na Križu!”

Ipak to nije bila laka odluka za utemeljitelja. Mučila ga je misao o ostavljanju nekih svojih ljudi i majke, s bratom i sestrom u ratom zahvaćenom Madridu. Ipak, shvatio je koliko je važno nastaviti s apostolatom po Božjoj volji. I znao je da s druge strane bojnog polja to može činiti.

S improviziranim je dokumentima stigao u Barcelonu 10. listopada 1937. Bio je to grad iz kojeg su kretale kolone izbjeglica vođene planinarima i krijumčarima – sve u velikoj tajnosti, shodno okolnostima. Morao je s ljudima čekati otprilike mjesec dana, a bili su gladni i gotovo bez novaca, sve dok konvoj nije organiziran.

Prelazeći planinu pješice, u prohladnu kasnu jesen, hodajući tijekom noći i skrivajući se preko dana, bez bilo kakve opreme, fizički slabi zbog mjeseci oskudijevanja, u stalnoj opasnosti da ih se ne otkrije i ubije... bilo je to teško za svakoga, posebno za osobe već izmučene dugim i nehumanim ratom. Postaje bijega bile su brojne i teške. Ponekad bi danima čekali na jednom mjestu po nalogu vodiča. Otac Josemaría odmah se predstavio kao svećenik i slavio je sv. Misu kad god je to bilo moguće. Posljednja od ovih sv. Misa, slavljena je u pećini; Josemaria je klečao cijelo vrijeme pred oltarem od stijene, a ljudi su izjavili: “Nikada nisam čuo sv. Misu poput ove danas. Ne znam je li to zbog ovih okolnosti ili zato što je svećenik svetac,” napisao je jedan od prisutnih.

Dana 2.prosinca, imali su sreće i uspjeli su prijeći granicu s Andorom. Bili su iscrpljeni, ali sigurni. Jaka snježna oluja zadržala ih je u Andori nekoliko dana. Ali konačno su mogli nastaviti put kroz Francusku zaustavljajući se u Lourdesu da bi zahvalili Gospi. Kada su prešli natrag u Španjolsku kod Hendaye, otac Josemaría izmolio je Zdravo Kraljice.