O fundador moi pronto advertiu que a novidade do espírito do Opus Dei implicaba a necesidade de sacerdotes provenientes dos laicos da propia institución, que se dedicasen de modo especial a atender pastoralmente ás persoas da Obra e aos seus apostolados, aínda que sen excluír a ningunha outra alma (cfr. A. Vázquez de Prada, O Fundador do Opus Dei, vol. II, Rialp, Madrid 2002, p. 647).
O 14 febreiro de 1943, mentres celebraba a Santa Misa, san Xosemaría tivo unha particular luz de Deus que lle presentou a solución que permitiría a ordenación presbiteral destes fieis do Opus Dei. Tratábase de erixir, dentro do fenómeno pastoral da Obra, un corpo sacerdotal proveniente do seu laicado e formado segundo o seu espírito, que quedaría integrado na mesma institución, cunha plena condición secular, para a atención pastoral dos seus membros e dos seus apostolados. Nacía así a Sociedade Sacerdotal da Santa Cruz, que foi erixida polo bispo de Madrid o 8 de decembro de 1943, despois de recibir o nihil obstat da Santa Sé o 11 de outubro do mesmo ano.
Entre tanto, san Xosemaría tiña na súa mente e no seu corazón o desexo de axudar máis aos seus irmáns sacerdotes diocesanos. Continuou dedicando a eles, especialmente a partir de 1939, unha gran parte do seu tempo predicando, a petición dos bispos de diversas dioceses, moitas quendas de exercicios espirituais a clérigos de toda a península ibérica.
Consciente das necesidades dos seus irmáns sacerdotes, entre os anos 1948 e 1949 san Xosemaría chegou a considerar a posibilidade de deixar o Opus Dei, unha vez obtida a súa aprobación pontificia final, e crear unha asociación dirixida aos presbíteros seculares (cfr. A. Vázquez de Prada, O Fundador do Opus Dei, vol. III, Rialp, Madrid 2003, pp. 171-176).
En abril de 1950, o Señor fixo ver ao fundador que era posible incluír aos sacerdotes diocesanos na Obra. Así o solicitou á Santa Sé, que aprobou, o 16 de xuño dese ano, que os presbíteros incardinados nas dioceses puidesen formar parte da Sociedade Sacerdotal da Santa Cruz.
O 28 de novembro de 1982, cando o beato Xoán Paulo II erixiu o Opus Dei en Prelatura persoal de ámbito internacional, chegouse á solución xurídica definitiva, na que queda reflectido genuinamente o carácter secular da Obra e a súa constitución orgánica, en canto composta por sacerdotes e laicos, homes e mulleres das máis variadas profesións e procedencias sociais. Nos Estatutos, a Sociedade Sacerdotal da Santa Cruz configúrase como unha asociación de clérigos propia e intrinsecamente unida á Prelatura, da que forman parte os sacerdotes que integran o presbiterio da Prelatura (fieis do Opus Dei que recibiron a ordenación sacerdotal) e á que poden asociarse sacerdotes incardinados nas diversas dioceses que queren buscar a santidade no exercicio do seu ministerio sacerdotal segundo o espírito do Opus Dei.