Aucune partie de l’Église ne constitue « une église dans l’Église ». C’est précisément le contraire : chaque partie suscite des liens de communion avec toute l’Église. Les fidèles de l’Opus Dei, en tant que tels précisément, sont et se sentent membres vivants de l’Église universelle et de leurs diocèses respectifs, à la vie desquels ils participent comme les autres fidèles. Il faut en outre se souvenir que cette prélature, contrairement à ce qui pourrait se passer dans d’autres, n’a pas compétence sur la pastorale ordinaire : baptêmes, confirmations, mariages, funérailles, etc. ; et qu’en revanche elle se consacre spécialement à la formation de ses fidèles et de ceux qui fréquentent ses apostolats (rencontres et retraites spirituelles, étude des sciences sacrées, direction spirituelle personnelle, etc.)

La légitime autonomie dont jouit l’Opus Dei pour réaliser sa mission ecclésiale, tout comme, d’ailleurs, l’autonomie qui caractérise à divers degrés tout fidèle ou toute réalité ecclésiale, est toujours une autonomie dans la communion avec l’Église universelle et le souverain pontife, avec les Églises particulières et les évêques diocésains. En ce sens, l’Opus Dei, dans son actuelle configuration de prélature, jouit de l’autonomie propre aux parties de la constitution hiérarchique de l’Église (celles dont la tête est un sujet doté de la puissance épiscopale). Elle est distincte, en cela, de l’autonomie propre aux entités de nature associative.