Don Javier Echevarría tuvo muchas muestras de cariño y amor hacia los peruanos. Visitó nuestra tierra en tres oportunidades. La primera, junto a san Josemaría, el fundador del Opus Dei, en julio de 1974 donde visitó la ciudad de Lima; la segunda, siendo ya Prelado del Opus Dei y segundo sucesor de san Josemaría en agosto de 1996; y la tercera vez estuvo en nuestro país en julio de 2010.

En las dos últimas visitas estuvo en Lima y Piura donde sostuvo encuentros multitudinarios con estudiantes y también con familias, reuniones o tertulias donde el público presente le hizo preguntas relacionadas con la familia, el trabajo profesional, la importancia de la gracia, entre otros temas vinculados a la vida cristiana en las realidades ordinarias.

En esas ocasiones, antes de irse de tierras peruanas, Monseñor Javier Echevarría decía que le costaba marcharse del Perú.

Monseñor Javier Echevarría falleció en el Campus Biomédico de Roma (Italia), el lunes 12 diciembre de 2016, fiesta de la Virgen de Guadalupe, advocación -a quien junto con el beato Álvaro del Portillo y san Josemaría- tenía gran devoción.

Pocas semanas antes de morir, el 7 de noviembre, había sido recibido en audiencia por el Papa Francisco. En su última carta pastoral, con fecha 1 de diciembre, además de agradecer la audiencia que le había concedido el Santo Padre pedía, como siempre, acompañar al Papa Francisco con oraciones por su persona e intenciones.

A su muerte, el 12 de diciembre de 2016 fueron muchas las muestras de cariño y aprecio filial de mujeres y hombres pertenecientes o no a la Prelatura del Opus Dei en muchos rincones del Perú, que agradecieron a Dios su vida de entrega a Dios y su generosidad.