El 20 de julio de 1936 tuvo que salir de la residencia de la calle Ferraz 16 vestido con un mono azul de trabajo y refugiarse en la vecina casa de su madre en la calle Doctor Cárceles. Enseguida fue consciente de que su vida corría un serio peligro: era conocido como sacerdote en el barrio y en la ciudad pues había llevado el vestido eclesiástico hasta el día que comenzó el conflicto. En la vorágine de persecución religiosa que se desató en Madrid en aquellos meses, su condición sacerdotal era una sentencia de muerte.

En los primeros meses estuvo huyendo de un lugar a otro: se refugió en la pensión de José María Albareda en la calle Menéndez Pelayo, en la casa de Manuel Sainz de los Terreros en Sagasta 31, y en muchos otros lugares.

Finalmente, pudo gozar de dos épocas de mayor serenidad. Una, mientras estuvo refugiado en la clínica del Dr. Suils, en el barrio de Ciudad Lineal, y posteriormente en la Legación de Honduras, en el Paseo de la Castellana. En esas épocas, pudo celebrar a diario la Santa Misa.

Continuó llevando adelante su plan de vida espiritual con la mayor finura de amor posible, dentro de las extraordinarias condiciones del momento.

Su tiempo lo dedicaba fundamentalmente a la atención espiritual de los fieles del Opus Dei en Madrid, algunos escondidos, otros asilados en embajadas o encarcelados.

También procuró ayudar a su madre y sus dos hermanos, que permanecieron toda la guerra en Madrid, y a otras familias de amigos y conocidos.

En la medida en que podía, y fue disminuyendo la persecución religiosa en la capital, pudo realizar más trabajos pastorales: atención de enfermos, confesiones, distribución de la comunión, incluso unos días de retiro espiritual, predicando las pláticas y meditaciones en diversos lugares para no levantar sospechas.

Aprovechaba el tiempo leyendo, estudiando, preparándose para seguir desempeñando, cuando cambiaran las circunstancias, la función de ser el Fundador de una institución que debía continuar hasta el final de los tiempos.

A. VÁZQUEZ DE PRADA,El Fundador del Opus Dei, ed. Rialp, Madrid 2002, Vol. II, pp. 26-124.